当别人问起用哪一款软件可以使用互作数据作图时，我想很多人就会建议使用cytoscpae这款人性化and开源的互作网络数据可视化软件。无论你要做的是protein-protein network, miRNA-mRNA network，还是共表达网络图以及WGCNA网络图，cytoscape都能轻而易举的以你的想法展示数据。同时该软件不需要注册、不需要付费、下载简单，实在是科研小伙伴的福音。

如何运用cytoscape？

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接下来我们模仿一篇文献中的某张互作网络图来主要讲解一下如何用cytoscape进行画图。

 

看到下面这张你几乎分不清谁与谁互作的网络图了吧？

 

不要着急，首先我们得下载这个软件

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软件官网地址：www.cytoscape.org

敲黑板，知识点：安装软件前，需要确认电脑中的JAVA版本在1.8及其以上，不然会报错的。然后根据电脑的操作系统选择合适的版本即可。

 

导入数据

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首先我们需要对自己的数据有点了解。

Cytoscape对于数据的要求很简单，只要保证有两列有互作关系的protein id 的数据即可导入。一般导入数据时选择默认的参数即可，如有其它要求可通过点击下图中的Advanced Options来调整参数。

修改图片

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导入数据后cytoscpae会产生一张默认参数的互作网络图，我想各位应该不会满足这种审美以及布局的图片，因此首先可以通过工具栏中的Layout来设置网络图的布局，或者自己选择某个点或者框选N个点一起拖动位置，以达到自己满意布局为止。

接着通过软件页面左边的Style选项来设置画面的一些细节，主要是通过Node设置点的性状、颜色、大小以及字体颜色，还可以通过Edge设置线条颜色、粗细以及样式。最关键的一步则是要通过工具栏中的Tools -> NetworkAnlyzer -> Network Anlysis工具导出每个Node的degree参数，将degree高的的Node以更加醒目的方式展示出来。当然如果导入数据中还有Edge的weight值，则可以根据weight值改变Edge线条的粗细，以展示Node与Node之间连接度的大小。

最后做完以上几步后，成果是这样的

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后期润色

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跟示例图比较后可知，还缺少一个图例来表示各个颜色分别代表的degree的区间。点击下图箭头所示 -> creat Legend ->Export即可导出网络图所对应的图例。最后就是PS来排版和润色的事了。

基本的画图方法应该就以上几点了，更炫更加美观的网络图可能需要大家的精心绘制了。如果还需要更加强大的画图工具，可以去cytoscape官网下载一些插件来配合使用。

其实一款软件的应用从入门到精通，是需要时间的。希望大家多多尝试，cytoscape用鼠标点点点就能做到的，不用大家写代码哒！祝大家早日画出自己满意的网络图^_^

领域：蛋白/抗体/蛋白质组,多组学/蛋白质组/代谢组/脂质组