10x Genomics Chromium Controller 单细胞测序文库构建解码系统

仪器主要用途：

应用微流体芯片将样品（高分子量DNA或单细胞）进行快速分区，而后添加序列标签，对样品进行定相结构变异分析、单核苷酸变异及插入分析，以及对数万个单细胞进行动态基因表达谱分析。可同时检测来源于同一细胞中表达谱及VDJ区域基因全长。可以检测单细胞水平基因拷贝数变异和开放染色质。应用Feature Barcoding技术可以在单细胞水平，同时检测同一细胞中基因表达以及细胞表面蛋白表达。提供开源的数据分析和可视化分析软件。
 

Chromium Controller仪器主要性能：

● 18分钟时间内捕获500-80000+个细胞

● 可同时检测1-8个样本

● 细胞的最小尺寸没有限制

● 细胞捕获效率可以达到65%

● 双细胞概率低：0.9%每1000个细胞

● 兼容Illumina测序系统

主要应用方向：

●  肿瘤异质性     ●  稀有细胞检测    ●  细胞发育机制    ● 单细胞RNA基因表达谱   ●  疾病路径调查    ●  功能基因的筛选    ●  丰富组织器官表型    ●  通路和细胞信号分析    ●  药物筛选    ●   基因特征识别     ●   了解克隆演化   ●   生物标志物的发现

研究领域：

● 免疫学    ●癌症研究    ●干细胞生物学    ● 免疫肿瘤学和免疫治疗   ● 自身免疫疾病和炎症性疾病   ●流行病学   ●神经科学   ●发育生物学   ●群体遗传学   ●移植和免疫重建   ●基因编辑   ●生殖健康   ●遗传性疾病    ●生物多样性    ●传染病和疫苗研究

单细胞基因表达谱：

● 兼容不同类型的细胞（细胞系、悬浮细胞、组织解离细胞、血液、细胞核等）

● 根据细胞表达谱对细胞群体进行聚类分析；

● 识别和区分不同的细胞类型

● 定义新的细胞类型和细胞状态

● 分析理解细胞异质性及其对生物系统的贡献

● 在不了解细胞亚型或细胞标志物的情况下对细胞群体进行表征

单细胞免疫组：

●可构建并解码5’基因表达谱文库， T细胞和B细胞受体VDJ区域全长测序文库

● 对单个T细胞内的TCR的α和β链匹配

● 对单个B细胞内的BCR的重链和轻链匹配

单细胞表观基因组学：

● 在转录起始位点（TSS）和调节区用富集信号检测开放染色质

● 研究和比较感兴趣区域的开放染色质● 基于开放染色质区和富集转录因子(TF)基序的细胞聚类

和鉴定

● 在不到一天的时间内完简单、精简的工作流程

● 原代细胞、新鲜的和冷冻保存的细胞系样品已进行过论证
 

单细胞基因表达的靶向方法：

●集中在你感兴趣的相关基因和路径上，使用综合的，预先设计的panel，能够添加多达200个自定义基因，或设计一个完全定制的panel。

●更高的通量和降低达90%的测序成本

●简化工作流程，同时保持较高的基因检测敏感性和降低计算负担

●在全转录组和同一个文库的靶向分析之间无缝过渡，以验证发现或探索新假设

●通过利用混合捕获方法来丰富文库，最大限度地减少偏差的引入
 

单细胞多组学：

同一细胞转录组和表观基因组的同时分析：

● 通过整合在同一细胞中的直接检测基因表达和表观遗传学，消除了在生信上推断关系的需要

● 确定认定的调节元件和它们的目标基因之间的联系

● 简单可靠的工作流程

● 易于使用的数据分析和可视化软件单细胞基因表达结合Feature Barcode技术

● 可同时检测同一细胞中基因表达以及细胞表面蛋白表达

● 可同时检测数万个单细胞中CRISPR介导的对基因转录水平的扰动

● 对细胞表面抗原特异性细胞进行表达谱文库和T细胞受体文库构建