免疫沉淀（IP）是一种常用的方法，使用抗体捕获混合分子中的目标蛋白。抗体可以预先连接到固体相基质上，如琼脂糖树脂或超顺磁珠，然后暴露于其目标蛋白中，或直接与这种固体相基质一起添加到样品中。优化了目标捕获的孵育期，这取决于抗体对其目标蛋白的亲和力。抗体-蛋白质-珠复合物通过离心或使用超顺磁珠时的磁力沉淀并收集。DynabeadsTM（赛默飞世尔科技，美国马萨诸塞州沃尔瑟姆市）是超顺磁珠，可以改性以具有不同的功能。例如，重组蛋白G或蛋白A可以共价连接到底片的表面上。蛋白G和蛋白A是展示对单克隆或多克隆IgG型抗体的Fc区域高亲和力的细菌蛋白。DynabeadsTM-蛋白G或DynabeadsTM-蛋白A用作抗体的固体相支持。使用Opentrons OT-2，为针对甘油醛-3-磷酸脱氢酶（GAPDH）的实验生成了稳健的自动化DynabeadsTM介导的IP方案，每个实验最多可处理96个样本，且样本间具有良好的可重复性。