在法庭外，“挺肖派”和“倒肖派”的争论始终没有停止。
10月10日上午，备受关注的方舟子遇袭案在北京市石景山法院开庭。经过近一天的审理，法院最终以寻衅滋事罪一审判处肖传国拘役5个半月，帮助肖传国雇凶伤人的戴某同获此罪和同样刑期。另外3名打手依次被判4个半月到一个月拘役。
石景山法院10月10日采用简易程序审理此案。石景山检察院派出了四名公诉人的强大阵容出庭支持公诉。在辩护席上，曾是李庄案辩护人的北京著名刑辩律师高子程为肖传国辩护。肖传国的妻子等被告人家属，到庭旁听了案件审理。
上午9时许，4名公诉人到达法庭。随后肖传国等被告人被带进法庭。公诉人宣读完起诉书后，法官问肖传国对起诉书指控其雇凶伤人的犯罪事实和寻衅滋事罪有无异议？肖传国对检方指控的事实予以认可，对于寻衅滋事的罪名，则表示不了解。肖传国称，如果法庭认定他就对罪名无异议。
肖传国在庭上说，他与方舟子有近10年的个人矛盾。他对方舟子不满，主要是基于方侮辱了他的妻子和老师。肖传国称，他曾在2007年对方舟子提起刑事诉讼，也曾以民事侵权起诉方舟子。刑事案件目前没有音信，民事判决方舟子至今没有执行。肖传国表示自己是在穷尽一切司法手段后，才如此对待方舟子的。
对于是否出于报复才指使其亲戚戴某雇凶殴打方舟子和方玄昌问题，肖传国的说法是，戴某得知方舟子和方玄昌和他有矛盾后，主动请缨要找人帮他教训一下这两个人。他当时马上制止戴某。后来经戴某一再提议他才默认，还嘱咐过戴某别打重了，打个鼻青脸肿就行了。对此肖传国的远房亲戚戴某则说，他文化水平低，肖传国曾跟他抱怨过方舟子和方玄昌老跟他过不去，他觉得肖传国是他们家族里最有出息的人，又给他帮过不少忙，就理解成肖传国希望他找人教训方舟子和方玄昌。
对花钱雇凶的事实，经检方调查，肖传国已支付了戴某7万元。肖传国否认7万元是雇凶伤人的费用，而是称其中5万元是给戴某的孩子出国留学用的，另外两万元是其从电视上看到方舟子被打的消息后，让戴某等人出去躲躲的路费。
庭审调查一直持续到10月10日下午近两点。肖传国的辩护律师高子程和方舟子、方玄昌的律师彭剑等先后走出法院大门。两拨律师称由于被告律师做无罪辩护，法官宣布由简易程序将改成普通程序审理此案，所以休庭，择日再审。而一个小时后，已经离开法院的两拨律师和旁听人员重新被叫回法院，法官宣布继续开庭。接近下午5点，经过法庭辩论，法官宣布了一审判决结果。
对于被判拘役5个半月，肖传国的表情显得有些意外。其称将和律师商量后再决定是否上诉。而另外4名被告人则当庭表示不上诉。
10月10日一早，包括中央电视台一辆转播车在内的国内数十家媒体记者，聚集在石景山法院南门外等候采访。
曾对媒体称要亲自到庭的方舟子未出现在庭审现场。方舟子的律师彭剑称，方舟子在得知石景山法院采用简易程序审理此案并听到有传言称此案可能会当庭宣判，肖传国可能被轻判后，临时改变了亲自出庭的计划以示不满。
上午8点30分，此案的另一名受害人方玄昌和其律师彭剑一同出现在石景山法院的大门外。面对记者采访，方玄昌指着头上的伤疤说，肖传国指使凶手用钢管直接殴打他的要害部位，根本不是什么寻衅滋事，而完全就是要取他的性命。他被打后头破血流至半休克状态。当时医生忙着对他进行抢救，病历记载很不完全，而公安机关依据病历鉴定他为轻微伤，鉴定结果与他受伤的事实根本不符。起诉书指控肖传国寻衅滋事是事实不清。
距离上午9时的开庭时间还有一个多小时，法院大门外出现了几名坐轮椅或拄拐杖的脊柱病患者，患者代表在央视转播车前拉起了“关注脊柱病患者、严惩肖传国”的白色横幅。而在法院门外的草地上，一位身穿黄色外套的男子却打出了“病人感谢肖传国医生”的标语。法院门外形成了“挺方派”和“挺肖派”两大阵营。
一位坐在轮椅上的男子告诉记者，他们是上百名脊柱病患者的代表，也都是肖传国“肖氏反射弧手术”的受害者代表。一位自称是从唐山赶来的年轻的母亲在法院门外，手举着几张照片哭诉其儿子做了“肖氏手术”后完全瘫痪的遭遇。就在同时，现场一位从山东赶来的小伙子撩开背后的衣服露出背上的伤疤对记者说：“我也是一个脊柱病患者，大小便失禁13年。由肖教授做了手术后，现在已经大小便都能够自理，恢复得和正常人一样。我觉得肖教授是受冤屈的，所以专门从山东赶来声援肖教授。”
就在法庭里唇枪舌剑激烈辩论的同时，法院门外“肖氏手术”的两派患者也吵成了一锅粥。
10月10日的庭审辩论出现了颇具戏剧性的一幕：受害方和被告方均不认可检察院起诉的寻衅滋事罪名。
方舟子和方玄昌认为，肖传国为了报复被二人质疑学术造假，雇凶持铁锤、钢管等凶器殴打二人的头部等要害部位，并将方玄昌打成脑动脉破裂，完全是故意杀人。二人的律师彭剑认为，肖传国雇凶伤人的行为应属于故意重伤未遂。检察机关以寻衅滋事起诉肖传国等5人与法律不符。
肖传国的律师高子程也认为肖传国等的行为不是寻衅滋事，而是故意伤害。高子程称，按照我国法律规定，伤情鉴定为轻伤以上才构成故意伤害罪。方舟子和方玄昌二人的伤情经鉴定均属于轻微伤，虽然是故意伤害但是不构成追究刑事责任，应该属于治安处罚的范畴，所以肖传国等应是无罪。
10日晚，方舟子、方玄昌以及律师彭剑、王光琦举行新闻发布会，指称肖传国在庭审时频繁说谎，法庭在程序和法律适用上有诸多漏洞。方舟子认为，最终判决比预想还轻，准备申请检察院提起抗诉。
方玄昌说，10月10日庭上出现诸多不正常现象。他说，肖传国在法庭上对受害者没有丝毫歉意，在下午的庭审中，被告用一两个小时的时间宣传肖传国的医术，指责方舟子学术打假目的是谋取名利，甚至诽谤方舟子，法庭没有很好地阻止。在案件审理过程中，肖传国在如何付钱、如何联系作案等问题上，和其他被告在陈述上互相矛盾，都没引起法庭重视。关于伤情鉴定争议，方玄昌表示，处理他伤情的医生没有经验，没有留下相关证据，病历记录不完全。但凭当时情况判断，他大量出血、出现休克，不可能是轻微伤。方舟子10月10日没有出席庭审，他表示，对于轻判的结果，他已有心理准备，因为法庭适用简易程序，其中三名行凶者已取保候审，都意味着法院不会重判。但最终的判决结果，还是较他预料要轻得多。
方舟子指出，他通过律师了解到肖传国的交待内容。根据已有的证据材料，肖传国提供给凶手的资料中，除了有方舟子和方玄昌的照片、住址和个人信息，还有方舟子的妻子的照片和信息。肖传国在方舟子的住址后面特地注明“电梯里有录像”。方舟子认为，判决起不到威慑作用，他的人身安全无法得到保障。
律师彭剑说，庭审在程序上有诸多违法之处。适用简易程序需人民检察院建议或者同意适用，此案检察院起诉书上建议适用普通程序，但开庭仍采用简易程序。中午，因肖传国律师做无罪辩护，法官宣布休庭，在当事人都离开法院后，法庭又宣布继续开庭，而彭剑始终没得到通知。对于罪名认定，彭剑坚持应以故意杀人（未遂）或故意重伤（未遂）定罪。彭剑表示，此案为公诉案件，作为受害方，当事人的权利有限，能提供的证据有限，更多地依靠公安机关和检察机关。他表示会向检察院提出抗诉申请。
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