基因研究属于生命科学领域的基础研究，在医疗、克隆、育种等众多领域有着广泛的应用前景，也是当前世界各国关注的前沿课题。
我国人多地少的基本国情，决定了将基因研究应用于禽畜类动物育种、提高动物类农产品产出率更具有重要意义。
“人们生活水平提高的一个重要标志是对禽畜类农产品消耗量的增加，而现代农业的发展方向也将是由种植农业为主向动物农业为主转变。”李宁认为，随着我国的发展，未来动物农业将在我国农业发展全局中占据更重要的位置。
因此，从基因层面改良我国鸡、猪等禽畜类动物品种，提高动物的产蛋率、产仔率、产肉率、产奶率，增强动物免疫力等，已成为生物学家的重要职责之一。
李宁介绍，以往以数量遗传学理论为基础的动物育种方法效率，已经跟不上世界畜牧业发展对品种的要求，需要整合新的理论与技术。而借助于基因研究手段，通过标记动物的抗病、多产基因，从基因层面进行动物的选种、育种，可以大大提高选种的准确性，进而提高育种效率，已成为动物育种方法的主流趋势。
于是，自1998年起，李宁向北京市自然科学基金提出了多项关于基因定位等方面的研究申请，并得到了北京市自然科学基金的积极反馈。
“我研究的课题非常贴合北京市农业生产实际需求，因此得到了北京市自然科学基金的高度重视，一开始即给予重点项目支持。而在整个操作过程中，北京市自然科学基金方面高度敬业的工作态度也给我留下了深刻印象。”
李宁介绍，北京市自然科学基金有关工作人员从项目立项、实施，直到结题，对整个操作过程进行了跟踪式管理。在项目取得成果后，还积极推介到北京市科委农村处予以产业化推广。
在北京市自然科学基金的支持引导下，李宁取得了卓越的工作成绩。
1998年至2008年间，李宁共主持完成了4项北京市自然科学基金项目。其中，“鸡重要生长与肉质性状的基因定位”、“肌肉质、腹脂和色素性状的分子遗传基础研究”和“利用RNAi技术培育抗禽流感新品种”三项研究，发展了国际先进的基因精细定位和基因功能验证技术体系，为我国分子标记技术的持续创新奠定了重要基础。
另一资助项目“家畜基因组修饰新技术”则从根本上克服了现有转基因技术导致外源基因随机整合，整合率和表达率极低的问题。该项目的实施建立了我国家畜基因组修饰的新技术平台，极大地加速了我国动物转基因技术的产业化。
“虽然市基金更关注对北京未来发展有深远影响的研究项目，但由于北京引领全国，因此也可以说市基金的意义不仅局限于北京，更在于引领全国发展。”李宁指出，北京市自然科学基金对生命科学的准确立项，不仅直接促进了后续研究队伍建设，更引导了我国转基因研究领域的整体进步。
通过北京市自然科学基金资助项目的实施，李宁及其课题组奠定了相关研究在国内外的领先地位。而这些项目的研究成果也为日后多项国家“863”计划、“973”计划及转基因专项课题的研究积累了前期工作基础，为国家课题的申报和立项起到了指引和支撑作用。
“国家级科研基金需要兼顾全局，所以布局很难强化某一个方向或领域。基础研究对科学事业的长远发展同样意义重大，北京市自然科学基金在此方面可以发挥重要作用，播撒下重大研究项目成长的第一粒种子。”李宁说。
近几年社会上炒得沸沸扬扬的三聚氰胺等食品安全事故再一次引起了人们对食品健康的高度关注。
为此，人们纷纷呼吁要加强食品监管，惩治不法之徒，保障食品安全。但在李宁看来，加速发展生命科学才是解决此类事情的根本途径。“如果能通过科学育种培育出更加优质的奶牛并加以推广，那么奶产品的整体质量就将得到提高，也就不会有人在奶产品上动心思了”。
李宁认为，经济的迅速发展已使人们对食品的需求有了很大变化，从过去只求吃饱，向着营养、安全、卫生的方向转变，这对我国的农业发展目标提出了新的挑战。同时，优质、安全的食物还能促进人们的身体健康、提高生命质量。生命科学研究将在此发挥巨大作用。
李宁指出，科学技术给人类带来的好处可以分为两种，一种是提高生活舒适、便利程度，如信息、运输技术、材料科学等；另一种则致力于提高生命质量，即生命科学研究，包括食品、医疗、生态环境等。
以农业为例，过去的农业生产更重视产量，衡量农业技术好坏的唯一标准是产量高低；但随着社会的进步，现代农业的发展目标已经转变为在保证产量的前提下，生产出使人们更加健康、更加长寿的农产品。
“生活舒适度的改善相对容易实现，但生命质量的提高往往需要过程。事实上，生命质量才应该是科学研究关注的根本问题。”李宁认为，虽然这一观点已在社会上得到一定程度的认可，但对生命科学的支持力度还需要进一步加强。
“奶、蛋等农产品的营养源是什么？人体合理的营养标准是什么？诸如此类的许多基本问题目前还没有答案。而只有这些问题得到解决，我们才能真正建立起有利于人类健康的合理食品结构，并进一步深入研究人类的衰老、疾病机制，达到趋利避害、提高生命质量的目的。”
李宁指出，像北京这样的大城市目前已走到舒适向质量转变的时代，应该对生命科学研究给予更大的重视，进而引领全国向提升生命质量的根本目标前进。
因此，李宁特别提出，北京市自然科学基金目前的资金规模已不能满足基础科学研究的要求，需要扩大基金规模，并在基金资助方向上向生命科学研究倾斜。
“这不仅是促进北京长远发展的需要，更是整个时代进步的现实要求。”李宁说。
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