按照《管理暂行办法》的规定，实验室主任和学术委员会主任的任期以评估为周期，对于参加评估的实验室任期至下轮评估结束；对于不参加评估的实验室任期最长不超过5年，任期结束后重新聘任。
| 序号 | 实验室名称 | 依托单位 | 实验室主任 | 学术委员会主任 |
| 1 | 恶性肿瘤发病机制及转化研究 | 北京大学 | 游伟程 | 魏于全 |
| 2 | 夸克与轻子物理 | 华中师范大学 | 许 怒 | 赵光达 |
| 3 | 光学信息技术科学 | 南开大学 | 袁小聪 | 徐至展 |
| 4 | 光电信息技术 | 天津大学 | 刘铁根 | 庄松林 |
| 5 | 定量系统生物工程 | 天津大学 | 元英进 | 欧阳平凯 |
| 6 | 先进陶瓷与加工技术 | 天津大学 | 李亚利 | 欧阳世翕 |
| 7 | 软弱土与环境土工 | 浙江大学 | 陈云敏 | 陈祖煜 |
| 8 | 植物细胞工程与种质创新 | 山东大学 | 夏光敏 | 刘春明 |
| 9 | 系统控制与信息处理 | 上海交通大学 | 关新平 | 柴天佑 |
| 10 | 特种显示技术 | 合肥工业大学 | 吴夏华 | 凌永顺 |
| 11 | 承压系统安全科学 | 华东理工大学 | 朱东生 | 高金吉 |
| 12 | 地理信息科学 | 华东师范大学 | 高 炜 | 童庆禧 |
| 13 | 先进土木工程材料 | 同济大学 | 杨正宏 | 李 杰 |
| 14 | 三束材料改性 | 大连理工大学 | 董 闯 | 周克崧 |
| 15 | 材料先进技术 | 西南交通大学 | 赵 勇 | 周 远 |
| 16 | 磁浮技术与磁浮列车 | 西南交通大学 | 高仕斌 | 严陆光 |
| 17 | 空天先进材料与服役 | 北京航空航天大学 | 张 涛 | 赵振业 |
| 18 | 软化学与功能材料 | 南京理工大学 | 汪 信 | 欧阳平凯 |
| 19 | 南方农业机械与装备关键技术 | 华南农业大学 | 罗锡文 | 汪懋华 |
| 20 | 绿色制药技术与装备 | 浙江工业大学 | 苏为科 | 张礼和 |
| 21 | 黄淮水环境与污染防治 | 河南师范大学 | 张 杰 | 王晓昌 |
| 22 | 设施园艺 | 沈阳农业大学 | 李天来 | 方智远 |
| 23 | 食品营养与安全 | 天津科技大学 | 王 硕 | 陈君石 |
| 24 | 工业发酵微生物 | 天津科技大学 | 张同存 | 孙宝国 |
| 25 | 显示材料与光电器件 | 天津理工大学 | 印寿根 | 秦国刚 |
| 26 | 工程电介质及其应用 | 哈尔滨理工大学 | 赵 洪 | 李盛涛 |
| 27 | 心血管药物研究 | 哈尔滨医科大学 | 杨宝峰 | 姚新生 |
| 28 | 西南微生物多样性 | 云南大学 | 张克勤 | 邓子新 |
| 29 | 磁性分子与磁信息材料 | 山西师范大学 | 武海顺 | 高 松 |
| 30 | 现代测控技术 | 北京信息科技大学 | 徐小力 | 高金吉 |
| 31 | 绿色化工过程 | 武汉工程大学 | 吴元欣 | 金 涌 |
| 32 | 纺织纤维及制品 | 武汉纺织大学 | 徐卫林 | 王训该 |
| 33 | 冶金装备及其控制 | 武汉科技大学 | 应保胜 | 段正澄 |
| 34 | 功能材料绿色制备与应用 | 湖北大学 | 王世敏 | 卓仁禧 |
| 35 | 发酵工程 | 湖北工业大学 | 汤亚杰 | 杨胜利 |
| 36 | 中药资源与中药复方 | 湖北中医药大学 | 方念伯 | 张伯礼 |
| 37 | 制浆造纸科学与技术 | 山东轻工业学院 | 陈嘉川 | 陈克复 |
| 38 | 分子与纳米探针 | 山东师范大学 | 唐 波 | 江桂斌 |
| 39 | 太赫兹光电子学 | 首都师范大学 | 张存林 | 杨国桢 |
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