对于“病”的概念，中医和西医的认识大不一样，已故知名老中医任应秋先生曾经对“病”的概念作了一个详细的说明：“西医所称的病，大多数是取决于病原体，或者就某种特殊病变的病灶而命名，或者就生理上的某种特殊变化而命名。总之，西医的病名，必取决于物理诊断和实验诊断，是比较具体的。中医的病，或与病因的性质而命名，或与突出的症状而命名，或从病机的所在而命名，虽然比较抽象，但它却往往能从整体观出发，局限性比较少。”所以，中医和西医关于病的概念不同，如气虚包含许多机体的功能不足，但西医并不一定作为疾病对待。西医的炎症，在中医有湿热、实热、虚热之分，具体的还有心火、胃火、肾火等等的区别。
此外，心理因素致病。目前西医已经注意到此类问题，因此产生了“心身医学”。但中医很早就注意到此类问题，例如肝气郁结导致消化不良、肿瘤等的产生。
中医治未病，西医治已病。未病即是做好预防和养生，包括养成良好的作息规律、习惯、性格、体魄等，预防疾病入侵，主要包括：法于自然之道，调理精神情志，保持阴平阳秘这三方面。另外，人食五谷杂粮，生活环境千差万别，机体出现某种偏差而未真正患病，也即亚健康状态时，西医没有办法治疗，因为没有发现实质性病变。而中医可以使用“补”或“泻”的方法调整人体的平衡，以预防疾病的产生。
慢性病因为长期的多因素作用导致各脏器病理上所见程度不一的变化，西医治疗结果根据病情的严重性有的效果可以，有的就不行。例如，大家熟知的这些慢性病，动脉粥样硬化、糖尿病、红斑性狼疮、过敏性鼻炎等，西医疗效并不是太好。具体以痛风为例，西医认为是肝脏嘌呤代谢异常，以抑制嘌呤代谢增长并利尿加速嘌呤排出，平常注意饮食，一旦饮啤酒或吃海鲜则会导致痛风再次发作；中医则调整脾胃与肝肾，增强人体消化和排泄功能，辅以身体锻炼，基本可以治愈痛风。恶性肿瘤，也并非是单一因素致病，治疗只是针对瘤体使用较单一的方法，结果导致杀敌一千自损八百的效果。单纯西医治疗，预后千差万别，效果均不很好，除个别肿瘤以外。中医通过“扶正祛邪”的方式调整人体的平衡，虽然不一定都能消除肿瘤，但在很大程度上可以改善患者的症状、提高生活的质量。
中医擅长于联合治疗和个体化治疗，用药的目的是“扶正祛邪”，就是调动人体自身的力量恢复健康，必要时会特异性地针对疾病本身。西医除少数一些药物需要个体化治疗以外，联合用药主要针对病因和症状，以去除病因改善症状为目的。
中医腑脏理论把人体的内外部分和各个脏器间的功能联系在一起作为整体来考虑，这种观点在疾病的诊断和治疗中非常有用。西医的诊断原本是“头痛医头，脚痛医脚”，但是随着西医诊断学的不断发展完善，也逐步把人体作为一个整体来看待，采用了临床辩证思维的方法来诊断和治疗疾病，同时也考虑到了人的心理和环境等因素。
和西医相比，中医难于科学化和定量化不是中医的问题，是因为目前人类科学技术对于人体生理功能未透彻了解，再加上对于系统多因素变量研究缺乏行之有效方法的原因。未来的发展方向是人类彻底掌握了人体生理功能，掌握了研究系统多变量的科学方法（分子、细胞、组织、器官等各个层次），方才可以揭示出为什么中医、中药有效的机制。举一个简单的例子，就是分子生物学对于单个细胞生理功能的了解并非完善，更小一点，甚至对细胞膜上各个受体功能的了解都是不完善的，更不用说生理条件下细胞内各细胞器之间如何协同工作的问题。如果只是培养离体细胞，和在体细胞之间的差异是比较大的，但是如何研究在体细胞内细胞器相互作用的问题，目前的科学还没有达到那个阶段。在这种情况下想“从无到有”人工设计什么药物就是“异想天开”了。所以，需要继承我们前人的医疗经验，无论是中国的传统医学还是其他民族的传统医学，都需要在继承的基础上与现代科学技术相结合而共同发展。
要特别说明的是，中医药的有效性是个实践方面的问题，不是文字或者逻辑方面的问题。中医药的发展也是因为实践的需要，而不是为了发展而发展、为了科学而科学。就像青蒿素不是为了诺贝尔奖而做研发一样。古籍典方也不是为了让后人批驳其不科学而存在的。中医药所有存在的理由都是为了实践，通俗地说就是为了治病。社会上不是每个人都了解医学和中医药的临床实践及其历史与发展，所以会有“众说纷纭”的现象，这很正常。中医药存在与否的决定权不在于大家辩论得多么热烈或是得到了什么奖项的肯定，而在于广大百姓的切身体验。百姓才是决定中医药是否存在和发展的根本保证。
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