2013年年底，中国退运了超过60万吨来自美国的进口转基因玉米及其产品。至于退运的原因，中国的解释是美国输华的玉米检出含有未经中国农业部门批准的MIR162转基因成分，而美国认为这是中国的贸易保护或报复行为。
这不是第一次中美因转基因食品引发贸易争端。2001年，在中国正式加入世界贸易组织(WTO)后，几乎所有的美国人都认为对中国的农产品出口将会成倍增长。然而，中国于当年5月颁布了《农业转基因生物安全管理条例》，并在2002年发布《农业转基因生物标识管理办法》以及《农业转基因生物进口安全管理办法》。这些新条例对大豆和玉米等转基因农产品的进口加以限制。
由于中国进口绝大部分的美国大豆和玉米都是转基因产品，中国借助这些技术贸易壁垒保护了其国内农业，但同时对美国的农产品出口带来很大的负面影响。为此中美双方就转基因问题进行了多轮磋商，才最终达成了协议避免了中美之间爆发贸易战。
至于这一次转基因争端，两国官员在2013年12月底举行的中美商贸联合委员会(U.S. China Joint Commission on Commerce and Trade)就转基因玉米问题进行了磋商。但无视来自美国方面的压力，中国将继续拒收混有未经农业部批准的MIR 162转基因成分的美国玉米船货。农业部副部长陈晓华进一步表态称，中国将对转基因农产品进行严格评估检查且没有转基因食品产业化的时间表。基于这次转基因争端爆发的复杂背景以及中美农业关系的重要性，这一轮的转基因食品争端将显得更加棘手，且会对中美关系产生更深远的影响。
在很大程度上，中美之间的转基因食品纠纷是中国国内的转基因之争的外延。围绕转基因技术是否安全已经在全球范围内争论了20多年。而近几年，中国国内关于转基因食品安全性的争论几乎成了全球最强音。转基因问题之所以能在中国引发如此之大的争议，一方面是因为转基因食品在中国的迅速扩张，而且政府有商业化推广转基因主粮的迹象，另一方面是由于食品安全事故的频发使得整个社会对食品安全问题空前关注。
科学界至今无法对转基因安全问题做出绝对的定论，以及中国国内权威的缺失使得转基因食品成了众矢之的。随着转基因食品问题在中国继续发酵，已经有越来越多的消费者，特别是有选择的中产阶层开始抵制转基因食品。民众对转基因食品的抵制将使得中国政府在政策制定上感受到很大压力，从而影响了转基因食品的贸易政策。
另外，中国粮食安全战略也是影响其转基因政策的重要因素。虽然从2003年开始，中国实现了粮食产量十连增，但由于粮食需求的快速增长，国内粮食缺口越来越大，粮食自给率已经连续两年低于90%。因此，中国政府开始高度关注粮食安全问题。去年底召开的中央农村工作讨论的核心问题就是粮食安全，而刚刚发布的一号文件也将保障粮食安全作为2014年工作的重点，并提出实施“以我为主、立足国内、确保产能、适度进口、科技支撑”的国家粮食安全战略。
所谓的科技支撑的一个主要内容就是发展转基因育种技术。面对人多地少这个基本现状，为了确保粮食自给自足，中国政府一直把推广良种、提高单产作为突破口。然而，传统的育种方式已经明显遇到瓶颈。就拿杂交水稻为例，虽然杂交水稻能够明显地提高单产，但它需要更多的化肥和农药。而化肥和农药的过量使用，使得土地和水资源污染严重，直接威胁中国农业的可持续发展。因此，中国政府寄希望于转基因育种技术来解决中国人的吃饭问题。
虽然从长期看来，转基因食品在中国的推广是大势所趋，然而就目前来说，尤其是在中国的转基因技术尚未成熟之前，中国对转基因农产品的进口，特别是转基因种子的进口将进行严格的监管和控制。考虑到美国在转基因育种领域特别是在大豆和玉米的领域保持绝对领先地位，发展中国自己的转基因技术就必须要求对国内产业进行保护。
围绕转基因食物的争端很有可能长期存在并对中美关系产生很大的负面影响。农产品贸易已经成为中美经贸关系至关重要的一个领域。从2001中国加入 WTO开始，中国农产品进口量大增。中国从美国进口大量的大豆和土豆，其中绝大多数都是转基因产品。中国已经成为美国农产品最大的出口地。农产品，特别是粮食出口是美国对华出口贸易值最大的产品。与总体中美贸易相反，美国在中美农产品贸易领域享受着巨大的顺差。因此中美如果无法就转基因问题达成一致，双方很可能爆发贸易战，为中美经贸合作蒙上阴影。
更令人担忧的是，转基因食品争议将不仅仅影响中美经贸关系，也可能对中美战略互信产生阻力。在中国国内转基因支持者和“反转”人士围绕转基因安全问题激烈交锋的同时，有关转基因食品的阴谋论也开始大有市场并被很多人接受。一部分“反转”人士宣称，转基因技术是美国让中国“亡国灭种”的生物武器。当然，这种阴谋论的出现和流行也是有一定原因的。
首先，在冷战期间，美国一直把粮食作为一个外交武器以实现自己的政治经济目的。美国前国务卿基辛格的那句“谁控制了粮食，谁就控制了全人类”更是不断地被引用，从而作为美国粮食阴谋论的佐证。其次，有相当一部分支持和推动转基因的科学家和学者有美国资金和机构培养的背景，有些甚至与美国在华的转基因种子的公司有联系，因此有人指责这些科学家和学者为美国的“走狗、汉奸”。而 2012年8月发生的湖南黄金大米试验事件，更是被当做美国对华发起转基因之战的有力证明。
转基因阴谋论不仅在普通民众中广为流传，在军中更为流行。已经有不少中国军人如戴旭、彭光谦和罗援等撰文指责转基因作物是美国针对中国的生物武器。由国防大学、总政治部保卫部、总参谋部三部、中国社会科学院和中国现代关系研究所于2013年6月联合制作的爱国教育片《较量无声》，更是质疑美国正在借转基因搞垮中国。2013年底在北京召开的第十二届国家安全论坛上，又有多位超出少将级别的将军严厉指出转基因利益集团对中国粮食领域的渗透和布局问题。 他们提出要防止转基因生物威胁国家安全和民族生存，呼吁建立生物国防，军方的立场又影响了很多人对转基因问题以及美国的看法。
至于转基因食物是否安全这个问题，或许在很长的时间内，科学界都无法给出一个绝对的答案。也就是说，围绕转基因的争议将长期存在下去。然而，随着中国粮食安全和食品安全问题的突显以及中美农业合作的日益紧密，转基因食品可能成为影响中美关系的一个定时炸弹。
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