半制备规模单链RNA纯化

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方案摘要

  引言

  寡核苷酸合成是非常高效和高产率的过程。在固相载体上进行寡核苷酸反应的典型产率为每耦合阶98~99.5%。在典型的多阶寡核苷酸合成中,杂质聚集在一起,即使是一般大小的21基体寡核苷酸的总产率也达到67~90%,较长链的寡核苷酸的产率相应较低。研究人员通常需要使用纯度高于初步合成混合物的材料。因此,用于基因敲除、基因分型和诊断目的寡核苷酸通常需要在合成后进行纯化。适合实验室规模寡核苷酸纯化的经济可行的解决方案很少,而现有的方法(比如离子交换色谱分析法和聚丙烯酰胺凝胶电泳法)通常比较繁琐和费时。在本应用说明书中,我们介绍了一种成本低、速度快的中等数量材料的纯化方法,单次进样载量高达140 nmoles,采用沃特世 ACQUITY UPLC®系统和寡核苷酸分离技术(OST)色谱柱化学技术可达到95%以上的最终纯度。所提出的纯化规模与标准的寡核苷酸合成规模匹配良好(50至250 nmol)。下述方法可在15至30分钟时间内完成寡核苷酸纯化,得到高纯度产品。

  结论

  本文介绍的单链RNA寡核苷酸的纯化策略速度快,成本低,可生成高纯度材料。使用OST色谱柱化学技术和Alliance HPLC系统,大量的单链RNA粗产物可以在短时间内成功纯化,进而得到高纯度(约95%)的材料;根据所收集峰面积与样品总峰面积的比值进行估计,产率可达55%。

  该方法对用于RNAi实验(这类实验中保证纯度和目标的特异性至关重要)的单链RNA的纯化极为有用。此外,由于T EAA的可挥发性,该策略可以将纯化的寡核苷酸储存,在没有T EAA这种不必要的盐的环境中,也可以避免其他纯化手段中产生的不必要的杂质。总的来说,该策略提出了一个比目前可用方法更优越的全面纯化方法。此外,在考虑样品纯化所需的时间成本、反应剂和沃特世XBridge OST色谱的寿命时,这种纯化方法非常经济。

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