免疫肽组学“闪电来袭”，免疫肽专属质谱采集方法免费送

2024-4-08 14:17

了解基于TIMS的“Thunder dda-PASEF”方法，深度鉴定免疫肽

LC-MS免疫肽组学面临与常规“鸟枪法”蛋白质组学不同的挑战，“鸟枪法”蛋白质组学通常使用胰蛋白酶进行消化，由于胰蛋白酶肽段通常是多带电的，并且单带电肽段通常是化学噪音，所以在典型的“鸟枪”法蛋白质组学工作流程中，单电荷离子通常会被排除，但MHC-I类免疫肽通常由8-14个氨基酸组成。由于其性质，它们经常以单电荷的形式出现，有时单电荷比例大于30%，常规的质谱仪不能选择性排除单电荷，因此这部分带单电荷的肽段不能进行碎裂被鉴定，影响了免疫肽的鉴定深度。如果不排除单电荷，又会影响多电荷肽段被鉴定的比例。

基于TIMS的4D-蛋白质组学则在免疫肽组学研究中具有先天优势，因为高效的捕集离子淌度可以把单电荷和多电荷完全分离开，因此可以选择性的将低m/z的单电荷离子（一般为化学背景）排除，高m/z的单电荷离子（一般为肽离子）安排做MS2分析，基于这个原理，“Thunder dda-PASEF”方法被开发出来，专门用于免疫肽组学分析。