宏基因组学（Metagenomics）是将环境样品中的微生物群落作为整体进行研究的学科。宏基因组测序与其他研究环境群落的方法相比，具有通量大、产出数据多、更为高效的优势。不仅能够获得环境物种组成和丰度信息，还能进行功能基因分析，比较样品间基因差异，研究物种间的代谢网络，通过深度挖掘具有应用价值的基因资源，为研究和开发新的微生物活性物质提供有力支持。

技术优势

1. 范围广：突破了不能培养微生物研究的限制，可对生境内所有微生物进行普查，不仅可获得环境微生物群落多样性信息，还可对基因功能活性进行挖掘。
2. 周期短：与传统微生物个体研究相比，可快速获得环境中微生物信息。

研究内容

一、标准信息分析

　1）数据处理

　去除宿主污染

　产出数据及质控统计

　2）宏基因组组装及概况

　组装前，通过K-mer分析评估样品的测序深度。

　组装后，比对上组装结果的reads进行GC-depth分析，结果显示为容易组装的reads的GC含量和depth范围。

　3）物种组成和丰度

　将reads与已测细菌、真菌、古菌基因组数据库比对统计。

　4）基因组组分

　基因成分（对contig≥500 bp的组装结果进行基因预测）

　前噬菌体

　可转座元件

　5）构建非冗余基因集

　6）基因功能分析

　基于KEGG数据库的功能注释

　基于CAZy(Carbohydrate-Active Enzymes)数据库的功能注释

　基于eggNOG (evolutionary genealogy of genes: Non-supervised Orthologous Groups)数据库的功能注释

　抗生素抗性因子分析

　7）多样品比较分析（组数≥ 2，每组样品数 ≥ 10）

　筛选与样品分组显著相关因子（基因、功能）

　基于筛选因子对样品进行主成分分析（PCA）

　基于筛选因子对样品进行聚类分析

　8）信息挖掘推荐

　数据库注释结果的初步应用

　不同环境样品研究进展分享

二、定制化分析case by case

　可结合客户的需求，协商确定信息分析内容。

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