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      Chip-Seq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（Chip）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建，然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。

数据分析

基本分析
对测序结果进行图像识别（ Base calling ），去除污染及接头序列；统计结果包括：测定的序列（ Reads ）长度、 Reads 数量、数据产量。
 

高级分析
 1)ChIP-Seq 序列与参考序列比对；

 2) Peak calling ：统计样品 Peak 信息（峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数）；

 3) 统计样品 Uniquely mapped reads 在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度；

 4) 给出每个样品 Peak 关联基因列表及 GO 功能注释；

 5) 在多个样品间，对与 Peak 关联基因做差异分析。
  

      由于 ChIP-Seq 的数据是 DNA 测序的结果，为研究者提供了进一步深度挖掘生物信息的资源，研究者可以在以下几方面展开研究：

     1) 判断 DNA 链的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰；

     2) 检测 RNA polymerase II 及其它反式因子在基因组上结合位点的精确定位；

     3) 研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系；

     4) CTCF 转录因子研究。