产品简介

       真核mRNA测序分析的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mRNA的总和。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息。

产品分类

      有参转录组测序：对有参考序列的物种利用双端测序技术对mRNA进行测序，通过与参考序列进行比对，统计基因的表达量，并进行差异分析和功能富集分析，同时可以进行可变剪切分析，并预测新的转录本。

    无参转录组测序：对没有参考序列的物种利用双端测序技术对mRNA进行测序，利用Trinity软件拼接序列，组装获得的转录本作为参考序列，对基因的表达量进行统计，并进行差异分析和功能富集分析。

     表达谱测序：必须有参考序列，利用单末端测序技术对mRNA测序，通过与参考序列进行比对，统计基因的表达量，并进行差异分析和功能富集分析。

技术路线

产品参数

       注：如样本数>10，需延长项目周期。

生物信息学分析内容

图1 生物信息分析流程图

标准分析
有参转录组标准信息分析

   1)对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量reads的处理；

2)测序评估：比对统计、测序随机性评估、比对上序列在染色体的分布、比对上序列在基因区域的分布、比对结果可视化；

3)基因表达注释：基因表达量、表达量分布、样品聚类；

4)基因差异表达分析；

5)差异基因表达模式聚类分析；

6)差异表达基因GO功能显著性富集分析：GO子类统计、GO富集分析、富集GO q值分布；

7)差异表达基因Pathway显著性富集分析：KO富集分析、富集KO q值分布、通路结果注释；

8)基因的可变剪接分析：可变剪接鉴定、统计、表达量分析；

9)预测新转录本：新转录本注释、表达量统计、差异分析；

10)SNP分析；

11)蛋白质互作网络分析。

无参转录组标准信息分析

1)对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量reads的处理；

2)数据产出统计及测序数据的碱基含量和质量评估；

3)组装结果分析：组装结果统计及转录本长度分布；

4)组装结果评估：

a)比对率分析、均一性分析；

b)组装准确性评估、组装结果注释比例评估、Reads利用率及嵌合体比例评估、核心蛋白比率评估。

5)预测编码蛋白框（CDS）；

6)Unigene功能注释；

7)Unigene的COG分类；

8)Unigene的GO分类；

9)Unigene代谢通路分析；

10)Unigene表达量分析：Unigene的表达量估计及其分布统计，实验样品的聚类；

11)Unigene表达差异分析；

12)差异表达的Unigene结果统计：数目统计、聚类分析、组间差异表达的Unigene分布统计；

13)差异表达的Unigene GO分类和Pathway富集性分析；

14)差异表达的Unigene功能注释；

15)SNP分析；

16)SSR分析与引物设计。

数字基因表达谱标准信息分析

1)对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量reads的处理；

2)测序评估：比对统计、测序随机性评估、比对上序列在染色体的分布、比对上序列在基因区域的分布、比对结果可视化；

3)基因表达注释：基因表达量、表达量分布、样品实验聚类；

4)基因差异表达分析；

5)差异基因表达模式聚类分析；

6)差异表达基因GO功能显著性富集分析：GO子类统计、GO富集分析、富集GO q值分布；

7)差异表达基因Pathway显著性富集分析：KO富集分析、富集KO q值分布、通路结果注释；

8)蛋白质互作网络分析。