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质谱是带电原子、分子或分子碎片按分子量（质荷比）的大小顺序排列的图谱。质谱仪可通过对物质的分子量（质荷比）进行检测，达到区分、鉴别物质的目的。SNP位点两个等位基因之间存在分子量差异，通过分型实验将差异放大，然后以质谱仪进行检测即可达到SNP分型的目的。带电物质无电场的真空管（Drift region）中的飞行速度与分子量负相关，分子量越小，飞行速度越快，到达检测器（Detector）的时间越早，反之亦然。
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