多重PCR是用多对引物同时对模板DNA上的多个区域进行扩增。一般PCR仅应用一对引物，通过PCR扩增产生一个核酸片段；多重PCR是在同一PCR反应体系里加上多对引物，同时扩增出多个核酸片段的PCR反应，其反应原理，反应试剂和操作过程与一般PCR相同。
多重PCR的主要用于多种病原微生物的同时检测或鉴定和病原微生物，某些遗传病及癌基因的分型鉴定。
多重PCR的特点
 高效性，在同一PCR反应管内同时检出多种病原微生物，或对有多个型别的目的基因进行分型，特别是用一滴血就可检测多种病原体。
 系统性，多重PCR很适宜于成组病原体的检测，如肝炎病毒，肠道致病性细菌，性病，无芽胞厌氧菌，战伤感染细菌及细菌战剂的同时侦检。
 简便性，多种病原体在同一反应管内同时检出，将大大的节省时间，为临床提供更多更准确的诊断信息。