细菌16S rDNA文库构建：

使用PCR方法扩增特定环境样品中混合细菌16S rDNA，使用TA克隆方法构建细菌16S rDNA文库，挑选阳性克隆测定细菌16S rDNA部分序列，并与GenBank中已知序列进行同源性比较，获得特定环境中的细菌群落结构和细菌多样性信息。

DGGE变性梯度凝胶电泳：

使用PCR方法扩增特定环境样品中混合细菌16S rDNA，通过变性梯度凝胶电泳分析环境样品中的细菌群落结构；将凝胶电泳条带回收后克隆测序，确定细菌种属关系，获得特定样品中的细菌多样性信息。

T-RFLP技术：

　　T RFLP是建立在PCR基础之上一种新的微生物生态学研究方法。该方法克服了传统微生物培养方法的限制、应用快速、灵敏度高且输出定量的数据结果 ,被广泛应用到菌种鉴定、群落对比分析、群落中系统发育种群多样性的评估等领域。目前我国仍没有关于此方法应用的相关报道 ,但作为一种研究微生物群落特征的理想方法 ,T RFLP已经越来越受到相关研究人员的重视。