1. 产品概述
转录组是在某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括mRNA，rRNA，tRNA以及其他noncodingRNA。转录组测序利用高通量测序技术，全面快速获取某一物种特定组织或器官在某一状态下的所有mRNA的序列信息。
2. 应用领域：
◆ 肿瘤的发生发展机制
◆ 复杂疾病的分子机制
◆ 药物作用靶点及机制研究
◆ 胚胎发育研究
◆ 环境毒理研究
3. 技术路线
4. 研究内容
5. 技术参数：
（1）样本要求：
新鲜动物组织：≥0.3g
新鲜培养细胞：≥5×106个
新采集的全血：≥5ml
PAXgene采血管：≥2管
RNA要求：
样品浓度：≥50ng/ul
样品体积：>10ul
样品总量：>2ug
样品纯度：RIN≧6.5（动物）、6（植物、真菌），OD260/280≧1.8，OD260/OD230≧1
（2）测序策略：PE150
（3）推荐数据量：6G以上
（4）测序平台：Novaseq，MGIseq2000
6. 案例分析
SHQ1调节的RNA剪切对急性淋巴细胞白血病细胞的存活率是非常必要的。期刊：NatureCommunication，IF：12.121，发表时间：2018.10，研究单位：武汉大学
研究结论：SHQ1在T-ALL中高度表达，SHQ1缺失会诱导T-ALL细胞的死亡，增加动物存活率。作者利用RNA-seq发现缺失SHQ1会影响RNA的正常剪接，MYC也会因剪接效率低而显著下调。对此，过表达MYC可显著挽救SHQ1失活引起的T-ALL细胞死亡。此外，本研究也发现在T-ALL中NOTCH1能结合SHQ1的启动子区域激活SHQ1表达，进而调控MYC表达。综上所述，本研究不仅发现了SHQ1在RNA剪接和肿瘤发生中的作用，也阐明了NOTCH1–SHQ1–MYC调控通路，为MYC基因的表达调控提供了新的见解。
图1.SHQ1的缺失影响pre-mRNA的剪接效率
参考文献：Su Hexiu, Hu Juncheng, Huang Liangetal. SHQ1 regulation of RNA splicing is required for T-lymphoblastic leukemia cell survival. [J]. Nat Commun, 2018, 9: 4281.