全基因组外显子捕获和目标测序外显子捕获，是二代测序中的重要应用，这需要一次性合成几十至几百万条引物，OligoArray芯片式合成仪的出现解决了该问题，根据不同的配置，OligoArray可以一次性合成几万至几十万条引物OligoPOOL，几十万条引物在一个管中，这样，在二代测序时，就可以在有限容量的芯片中，进行有针对性的目标序列进行深度测序。得到质量更好的数据。

1. 应用背景 

全基因组外显子捕获和目标测序外显子捕获，是二代测序中的重要应用，这需要一次性合成几十至几百万条引物，OligoArray芯片式合成仪的出现解决了该问题，根据不同的配置，OligoArray可以一次性合成几万至几十万条引物OligoPOOL，几十万条引物在一个管中，这样，在二代测序时，就可以在有限容量的芯片中，进行有针对性的目标序列进行深度测序。得到质量更好的数据。

 2. OligoArray工作原理 

将芯片放入合成仪中，合成仪控制芯片中每一个合成池的电极电位，在芯片上（一般为12000或者90000个合成池，即可同时合成12000或者90000个DNA的芯片），按照软件设计的DNA序列，合成一定长度的DNA，由待合成引物的3’端向5’端合成，相邻的核苷酸之间通过3'→5'磷酸二酯键连接，由此合成所需要的DNA/RNA。合成后的大量DNA从芯片上剪切下来，即单管中就会含有几万条引物，用于二代测序等工作。

3. OligoArray的主要功能及应用范围

· 高通量Oligo合成 

· 基因合成 

· 全基因组外显子捕获引物合成 

· 小RNA合成

4. OligoArray技术参数：  

· 在芯片上的原位式电化学Oligo合成。 

· 可同时装载1～8张12k芯片（以8x12k配置为例）或者1～8张90k芯片（以8x90k配置为例），芯片规格：12K，90K。 

· 单次最多合成8x90000个Oligo （以8x90k配置为例）

· 单次运行时间：小于48小时（以80mer Oligo为例） 

· 合成规模：每个Oligo合成量约为1f Mol 

· 6个标准Amidite接口，6个试剂瓶位 

· 电化学去保护

5. OligoArray技术要求  

一次合成最多8x90,000条Oligo（8x90k配置为例），或者8x12,000条Oligo（8x12k配置为例），48小时内即可完成， 

平均每个合成循环的时间约为30分钟（每延伸一个碱基的反应为一个循环） 

每个Oligo的合成规模在1f Mol左右（以80mer长度为例） 

可合成最长达170mer的Oligo（长度越长，产率越低）。 

8个合成池。 

leave it on模式。 

有6个单体瓶位和6个试剂瓶位 

可使用非修饰单体或修饰单体和试剂进行合成 

电化学方法去保护，采用选择性去保护方法，只将需要延伸的Oligo进行去保护反应，随后进行合成反应。 

如选择Microarray配置，芯片可以在单色或者双色荧光Reader上进行扫描。 

合成的Oligo可以Leave on chip 或者剪切下来做成Oligo Pool