Matrix控制系统是一种全数字控制系统，采用了多处理器技术。
为了提供用户高质量的信号、快速的测量和灵活的实验，Matrix控制系统融合了高速、低噪声的数字电子技术和新的SPM应用的设计理念和架构。可扩展性是Matrix控制系统应对未来扫描探针显微技术挑战的关键因素。
Matrix控制系统采用模块化设计理念，将不同的任务集成在单独的数字化电路板上，以满足高性能SPM的要求。通过预留插槽的方式，可以轻松进行电路板的升级或添加额外的功能（如原子力显微镜）。每个电路板都采用相同的数字核心，包括中央处理单元（CPU）、数字信号处理器（DSP）、现场可编程门阵列（FPGA）和逻辑运算。