Affymetrix HTA 2.0芯片检测

　　研究表明，数万个人类基因组中包含了几十万个外显子，它们产生了几十万不同的转录本异构体。当基因的外显子在加工好的信使RNA中被保留或者去除时，这些转录本异构体就产生了。HTA 2.0（Human Transcriptome Array 2.0）是目前分辨率最高的表达谱芯片，这一高分辨率芯片包含了超过七百万个探针，完整全面覆盖了编码和非编码转录本。其中，70%的探针覆盖于编码转录本的外显子，30%的探针覆盖外显子-外显子之间的剪切位点连接处和非编码转录本，可同时用于基因表达、可变剪接检测；另外，该芯片还收录了大量非编码RNA片段，可用于非编码RNA转录的检测。该芯片通过高效扩增方法，可以从低至50ng的总RNA起始进行高通量、低成本检测，非常适合临床样本转录组水平全面基因组研究。

探针设计

　　HTA2.0是目前分辨率最高的表达谱芯片，这一高分辨率芯片包含了超过七百万的探针，全面覆盖了编码和非编码转录本。其中，70%的探针覆盖于编码转录本的外显子，30%的探针覆盖外显子-外显子之间的连接处和非编码转录本。另外，为确保转录组的均一覆盖，HTA2.0对每个外显子设计约10条探针，每个外显子-外显子之间的连接处有4条探针，可保证每个实验都能获得完整、准确和可重复的数据。

其探针设计方式如下图所示： 

技术优势

　　全面的转录本信息:>730万的高密度探针全面覆盖编码和非编码转录本信息。整合了多个公共数据库，包括RefSeq, UCSC, Vega, GENCODES,MGC, lincRNAs TUCPs, lincRNAdb, UCSC lincRNA, noncode.org 等，保证了HTA2.0 涵盖的探针信息更完整。

　　分辨率高：是目前分辨率最高的基因表达分析芯片，包含超过七百多万不同探针，每个外显子设计约10 条探针，每个外显子junction区域有4条探针，完整覆盖了编码和非编码转录本。可以检测已知的转录本及可变剪接。

　　全新数据分析软件（TAC）：该软件可进行基因差异表达分析和可变剪接分析；较好的图形化展示结果，可展示不同 transcript isoforms；对于关注的转录本可直接链接到公共数据库。

测序结果比较

结果展示