将SILAC技术和Co-IP技术结合可用于定量互作蛋白。其基本原理是通过质谱鉴定和分析蛋白质相对量来判断是否是特异性结合诱饵蛋白，与对照组相比较，当敲低或者过表达诱饵蛋白之后，非特异性结合的蛋白会成对出现且峰强一致，而互作蛋白的含量会相应的降低或者升高，通过数据差异性分析就可以得到诱饵蛋白互作蛋白信息。

CoIP与质谱联用的原理是：如果一种目标蛋白是某一蛋白复合物的一部分，利用目标蛋白的特异性抗体，就可以对整个蛋白复合物进行富集，进而利用质谱鉴定这个蛋白复合物中的其他成员。

技术流程

技术优点

• 寻找到相互作用的蛋白质。

• 可直接辨别非特异结合蛋白，假阳性低。

• 能直接检测出互作蛋白的相对丰度。