产品描述
细菌基因组测序，可分为细菌基因组扫描、细菌基因组完成图和细菌基因组重测序。
细菌基因组扫描，即通过高通量测序技术，对已有参考基因组或无参的细菌样本进行测序，获得细菌基因组框架图的研究。并可基于细菌基因组框架图开展基因功能注释、比较基因组学及泛基因组研究。
细菌基因组完成图测序，即从头测序，是指不需要任何现有的序列信息就可以对某个细菌物种进行测序，利用生物信息学分析手段对序列进行拼装，从而获得该细菌物种的基因组序列。并可基于细菌基因组完成图开展基因功能注释、比较基因组学及泛基因组研究。
细菌基因组重测序，基于已知参考基因组的细菌物种进行高通量测序研究，一般重点关注基因组变异（SNP、InDel等）情况，亦可进行群体研究。可关注大量的单核苷酸多态性位点（SNP）、插入缺失（InDel, Insertion/Deletion）、结构变异（Structure Variation，SV）等变异信息。
细菌基因组测序可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制，已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制、关键功能基因的重要工具。
技术优势：
凌恩生物细菌基因组完成图项目，业内率先提出0N，0gap交付指标，并可实现多质粒细菌的质粒基因组研究、针对多质粒、异常GC含量及较大（genome size >=6Mb）的细菌基因组提供高水平交付，并可提供比较基因组学、泛基因组学等多层次深入研究个性化解决方案，是您细菌基因组研究的不二之选。
技术策略
细菌基因组扫描/重测序 | 细菌基因组完成图 | |
测序 策略 | Illumina PE150 （1Gb） | Illumina PE150 （2Gb） + 三代(50x) |
结果 特点 | 可获得基因组草图并开展多数据库注释、比较基因组等研究。 | GC%正常范围(35%~65%)的细菌基因组，实现0N，0gap技术指标；可交付菌体中的质粒基因组； 可承接GC含量异常、较大（6M以上）细菌基因组及链霉菌等较高研究难度的项目。 |
技术流程
细菌基因组扫描项目分析流程
细菌基因组精细图项目分析流程
送样要求Total DNA≥20 μg；浓度≥20 ng/μL；纯度OD260/280在1.8-2.0之间 DNA完整无降解，无RNA、蛋白质、多糖等污染。
分析示例
细菌基因组圈图 多质粒基因组圈图
病原-宿主互做注释
GI岛预测
比较基因组直系同源基因venn图
系统进化树构建
cgMLST菌株高精度分型及群体进化分析
比较基因组群体共线性分析
项目经验（部分客户文章）
1. Emergence of plasmid-mediated oxazolidinone resistance gene poxtA from CC17 Enterococcus faecium of pig origin.Journal of Antimicrobial Chemotherapy (IF=5.113)， 2019.
2. An angular dioxygenase gene cluster responsible for the initial phenazine -1- carboxylic acid degradation step in Rhodococcus sp. WH99 can protect sensitive organisms from toxicity.Science of the Total Environment (IF=5.589)， 2019.
3. Characterization of a Linezolid- and Vancomycin-Resistant Streptococcus suis Isolate That Harbors optrA and vanG Operons.Frontier in Microbiology(IF=4.259)， 2019.
4. Biosynthesis of ilamycins featuring unusual building blocks and engineered production of enhanced anti-tuberculosis agents. Nature Communications (IF=12.353)， 2017.
5. Deciphering the sugar biosynthetic pathway and tailoring steps of nucleoside antibiotic A201A unveils a GDP-L-galactose mutase.PNAS (IF=9.423), 2017.
