产品描述
真菌基因组测序，可分为真菌基因组扫描、真菌基因组精细图和真菌基因组重测序。
真菌基因组扫描，即通过高通量测序技术，对已有参考基因组或无参的真菌样本进行测序，获得真菌基因组框架图的研究。并可基于真菌基因组框架图开展基因功能注释、比较基因组学及系统进化研究。
真菌基因组精细图测序，即从头测序，是指不需要任何现有的序列信息就可以对某个真菌物种进行测序，利用生物信息学分析手段对序列进行拼装，目前常用二代测序结合三代测序，可获得基因组精细图，下游可基于真菌基因组精细图开展基因功能注释、比较基因组学及系统进化研究。
真菌基因组重测序，基于已知参考基因组的真菌物种进行高通量测序研究，一般重点关注基因组变异（SNP、InDel等）情况，亦可进行群体研究。可关注大量的单核苷酸多态性位点（SNP）、插入缺失（InDel, Insertion/Deletion）、结构变异（Structure Variation，SV）等变异信息。
真菌基因组测序可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制，已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制、关键功能基因的重要工具。
技术优势
拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台，实验周期短，质量可靠；
拥有多种测序平台和强大的计算机资源，提供最佳的测序解决方案和快速的数据分析平台；
技术人员经验丰富，可根据客户需求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果；
拥有专业的生物信息团队，可提供个性化的生物信息分析服务；
技术策略
细菌基因组扫描/重测序 | 细菌基因组完成图 | |
测序 策略 | Illumina PE150 （5Gb） | Illumina PE150 （5Gb） + 三代(100x) |
结果 特点 | 可获得基因组框架图并开展多数据库注释、比较基因组等研究。 | Scaffold N50>300k；90%以上的contig和scaffold能够定位到染色体上。可提供多种高级分析选项，并支持个性化分析方法评估，助力科研深入。 |
技术流程
图 真菌基因组扫描项目分析流程
图 真菌基因组精细图项目分析流程
送样要求
Total DNA≥20 μg；浓度≥20 ng/μL；纯度OD260/280在1.8-2.0之间 DNA完整无降解，无RNA、蛋白质、多糖等污染。
分析示例 COG功能分类统计
GO功能注释统计
比较基因组共线性分析
全基因组结构变异类型配对图
直系同源基因venn图
系统进化树
项目经验（部分客户文章）
1. Population genomics and evolution of a fungal pathogen after releasing exotic strains to control insect pests for 20 years. ISME (IF=9.693), 2020.
2. Phylogeny of dermatophytes with genomic character evaluation of clinically distinct Trichophyton rubrum and T. violaceum. Studies in mycology(IF=11.663), 2018.
