混池测序——即混合群体分离分析法(Bulked Segregant Analysis, BSA),是利用极端性状个体混池进行目标性状基因定位的一种快捷方法。在分离群体中,选取极端性状的子代DNA等量混合,对混合的“基因池”(GenePool)及亲本分别进行建库测序,计算不同文库的测序数据在多态位点(SNP)的频率(Allele Frequency,AF),与目标表型进行关联,从而实现目标性状相关的基因定位或者连锁分子标记的开发。
分析原理
技术流程
技术优势
1. 大型动植物基因组分析经验丰富,深入挖掘生物群体意义;
2. 流程优化,项目周期显著降低;
3. 结合公共数据库样品信息联合分析,节省成本;
4. 提供基因组数据构建服务,让数据后期利用更加便利。
送样要求
DNA总量≥500ng,浓度≥12ng/μl,无降解,无粘稠/颜色异常,无RNA /蛋白质污染;
使用无DNase管,标记清晰,干冰寄送。
分析示例
标题
与油菜多角果性状相关的基因组区域鉴定
研究背景
油菜(Brassica napus L.)突变体增加了每株植物的角果数目,但其分子机制仍不清楚。本研究结合BSA和全基因组重新测序(WGR)技术,使用来自近等基因系(NILs)zws-ms和zws-217研究与油菜多角果性状相关的基因组区域。
研究结果
1、遗传分析获得了与油菜多角果性状相关的3个SNP和2个InDel。
2、基于功能注释的结果,筛选鉴定出与油菜多角果性状相关的基因组区域和候选基因。
参考文献
1. Identification of genomic regions associated with multi-silique trait in Brassica napus. BMC Genomics, 2019.