ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是一种研究染色质可及性的分子生物学方法,这种方法的目的是鉴定DNA的可触及区域,即未被组蛋白捕获的开放区域。在基因组上,有很多开放的染色质区域,是转录因子和转录元件的重要结合位点。ATAC-seq,仅需要很少的细胞就能鉴定基因组中所有活跃的调控序列。该技术利用T5转座酶,将测序的adaptor插入这些开放的转录因子结合区域,以优先标记和检测核小体之间的DNA序列,从而可以获得转录因子结合位点等关键信息(下图)。
ATAC-Seq由于所需细胞量少,实验简单,可以在全基因组范围内检测染色质的开放状态,目前已经成为研究染色质开放性的首选技术方法。
技术流程
技术优势
1. 样本起始量低,ATAC-seq只需50000个细胞即可开展。
2. 灵敏度高,可覆盖全基因组范围内各种大小范围的开放区域。
3. 周期短,实验流程更快速,有利于加快研究速度。
分析示例
基因组测序深度累积分布图
基因及上下游测序深度分布图
peak基因功能元件分布图
peak相关基因的GO/KEGG富集分析
peak及上下游reads表达水平热图