产品介绍
细菌基因组相对较小,具有重复序列较高、易于突变等特点,很有必要对细菌进行全基因组测序。细菌de novo测序已取代传统方法成为研究细菌遗传进化机制、关键功能基因的重要工具。凌恩生物细菌基因组完成图研究唯一策略:NGS + Pacbio / Nanopore。
真菌基因组相对复杂,阐明真菌基因组特征在真菌遗传学研究、工业技术、治病机理研究等方面意义重大。
凌恩生物联合DovetailTMHi-C邻近连接技术,可跨越式获得Mb(兆)级基因组范围内的信息,实现真菌基因组染色体级别组装。
病毒基因组结构简单,一般只含有单一核酸,在探究病毒的毒力系统、病毒的基因组进化与演变历程方面意义深远,可以为揭示病毒流行病变化趋势等提供有力参考。
技术流程
研究特色
纯手工拼接,人工确认组装质量;
可获得所有质粒、噬菌体等内源基因组;
复杂区域组装经验丰富;
细菌、病毒(噬菌体)完成图承诺0N,0Gap高品质结果交付;
PCR实验可验证,组装注释结果符合NCBI上传要求。
项目经验
凌恩生物专注于高品质细菌基因组完成图项目,公司成立以来,细菌基因组完成图交付数百例,客户满意度超过95%。对于大型单菌基因组,异常CG含量,多质粒的项目经验丰富。
可实现质粒基因组,BAC(细菌人工染色体)测序及完成图组装注释。
定制化分析服务:凌恩生物可以为客户提供1V1的个性化分析定制服务。
送样要求
样品类型:菌株DNA或者菌体;
菌体样品需求量:
扫描图菌体样本:菌体不宜培养时间过长,以对数生长中期细胞最佳。收集至少30 D·mL的菌液对应的菌体沉淀(例:OD600=2,则需要取1.5mL菌液离心收集菌体;OD600=0.5,则需收取6mL菌液离心收集菌体);
完成图菌体样本:菌体不宜培养时间过长,以对数生长中期细胞最佳。收集至少500 D·mL的菌液对应的菌体沉淀(例:OD600=2,则需要取25mL菌液离心收集菌体;OD600=0.5,则需收取100mL菌液离心收集菌体);
DNA样品需求量:
扫描图基因组DNA:DNA总量≧1μg,浓度≧20ng/µL,OD260/280=1.8-2.0,OD260/230=1.8-2.2;DNA的主峰带明显且在2kb以上,无明显RNA污染;
完成图基因组DNA:DNA总量≧15μg,浓度≧50ng/µL,OD260/280=1.8-2.0,OD260/230=1.8-2.2;DNA的主峰带明显且在15kb以上,无明显降解,无明显RNA污染;
分析示例
基因组多质粒圈图
GI岛预测
泛基因组分析
菌株高精度分型
群体SNP分析
群体共线性分析
重组位点鉴定
凌恩项目经验(部分文章)
Emergence of plasmid-mediated oxazolidinone resistance gene poxtA from CC17 Enterococcus faecium of pig origin. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 2019.(肠球菌完成图,IF=5.113)
Circulation and Genetic Diversity of Feline Coronavirus Type I and II From Clinically Healthy and FIP-Suspected Cats in China. Transboundary and Emerging Diseases, 2019. (猫冠状病毒FCoV完成图,IF=3.554)
Phylogeny of dermatophytes with genomic character evaluation of clinically distinct Trichophyton rubrum and T. violaceum. Studies in Mycology, 2018.(红毛/紫毛真菌精细图,IF=11.663)
Comparative genomic analysis of isoproturonmineralizing sphingomonads reveals the isoproturon catabolic mechanism. Environmental microbiology, 2016. (鞘脂菌完成图,多质粒,IF=4.974)
Biosynthesis of ilamycins featuring unusual building blocks and engineered production of enhanced anti-tuberculosis agents. Nature Communications, 2017.(链霉菌完成国,IF=12.353)