上海伯豪外显子组测序解决方案

一、 上海伯豪转录组测序服务简介

     目前，上海伯豪推出的转录组测序服务项目主要是应用Applied Biosystems SOLiD 5500xl / Applied Biosystems SOLiD4 System、Illumina HiSeq2000 / Illumina Genome Analyzer IIx、Roche GS FLX等第二代测序系统，帮助科研人员了解某一物种特定器官或组织在某一状态下RNA转录情况，从而开展基因表达水平研究、转录本结构研究、转录本结构变异研究、低丰度新转录本发现和非编码区域功能研究等工作。

二、 上海伯豪全外显子组测序服务特点

专注：上海伯豪专注于高通量基因组学研究技术服务，为客户提供基于各平台各层次的研究和验证解决方案。

专业：上海伯豪拥有十年基因组技术服务经验，拥有丰富的样品处理、项目管理、数据分析经验。

专心：上海伯豪利用完整的质量控制体系，实验严格按照SOP文件进行，多重实验质控有效的减少了低质量数据的产生。

三、 上海伯豪全外显子组测序服务内容

1． 全外显子捕获：基于Agilent SureSelect技术的外显子捕获 / 基于NimbleGen SeqCap EZ Library的液相外显子捕获。

2． 测序：

3． 数据分析内容：

1) 原始数据的QC：
提供以下数据分析内容：a. 原始的reads数目；b. 能够mapping到相应物种基因组上的碱基数；c. mapping到目的区域的碱基数和覆盖度的计算。

2) 基因组比对：将原始readsmapping到指定的基因组，得到*.bam/*.sam文件。
提供基因组mapping结果统计，包括mapped ratio，coverage等信息。

3) SNV分析：应用上述得到的bam文件进行SNV，small indell的分析。结合Perl语言和R-software，从中提取得到需要的结果。
提供以下数据分析内容a. 碱基突变情况；b. 对应的氨基酸的改变，是否同义突变；c. 对应染色体的物理位置定位信息；关联的dbSNP库信息（若是新发现SNV则无此信息）；d. 该SNV位点相关基因信息（若是新发现SNV则无此信息）。

4) 基因组Small indel检测结果：
提供基因组发生small indel区段的大小，位置；关联的基因信息。

4． 常见基本数据筛选流程：

特别小提示：
     研究单基因遗传病，可以在研究家系中使用Affymetrix SNP 6.0芯片进行分型，尽可能将致病基因定位到一个较小的染色体区段内，这样可使这步筛选获得更好的效果。

四、 上海伯豪全外显子组测序样品要求

1) 样品纯度：OD 260/280值应在1.8～2.0 之间；RNA 应该去除干净。
2) 样品浓度：最低浓度不低于50ng/µl。
3) 样品总量：每个样品总量不少于15µg。
4) 样品溶剂：要溶解在H20或TE （pH 8.0）中。
5) 样品运输：DNA低温运输（-20℃）；且在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染。