LDR-PCR测序分型技术 

1、技术原理

1.1 连接酶检测反应 (Ligase Detection Reaction，LDR)
    LDR是利用高温连接酶实现对基因多态性位点的识别。高温连接酶一旦检测到DNA与互补的两条寡聚核苷酸接头对应处存在着基因点突变类型的碱基错配，则连接反应就不能进行。
如图1：右边的探针与模板有一个碱基不配对，所以连接反应不能进行，没有连接产物；左边的探针与模板DNA完全互补，故进行连接反应。通过温控循环该特异性连接反应可反复进行，达到线性扩增的效果。


图1.LDR分型原理


图2 SNP分型结果图
 
1.2  PCR-LDR技术分型实验流程
1)     通过多重PCR (Multiplex PCR)获得含有待检测突变位点的基因片断，
2)     进行多重LDR (Multiplex LDR)进行特异性分型检测。
3)     最后通过测序仪电泳读取检测结果。
 

图3 PCR-LDR分型流程

2、服务流程
2.1 标准服务流程
1)     客户沟通，确认实验位点，并进行相关分析，提示实验可行性。
2)     建立实验方案，并在此过程中和客户保持密切沟通。
3)     大规模实验，有严格的指控流程保证实验结果可靠。
4)     补数据，尽可能提高样本的使用率。
  

图4.SNP分型服务流程

2.2 实验数据质量控制流程
1)     所有分型信号要求信号清晰唯一，排除不确定信号干扰。
2)     每板数据中都有阴性对照，质控PCR和LDR污染数据。
3)     整个实验服务流程有15%的双盲重复对照，保证数据准确可靠。
4)     利用HWE原理进行数据评估。