miRNA芯片数据发掘分析
 
 

芯片聚类分析

二、microRNA靶基因预测
“TargetScanS”，“miRanda (miRBase)”，“miRGen”等数据库预测差异microRNA的所有靶基因。

靶基因GO分析

根据Gene Ontology数据库对靶基因进行功能显著分析，从而筛选显著性功能的靶基因。

 
 
 
 
 
 

靶基因pathway分析

根据KEGG数据库对靶基因进行Pathway分类，并进行显著性分析从而得到显著性的Pathway分类。

 

构建MicroRNA与基因的调控网络

通过构建MicroRNA与基因的调控网络，可以从中找出hub基因及hub microRNA.
 

microRNA 、靶基因、转录因子调控网络

microRNA也会受到转录因子调控造成表达差异，通过系统研究转录因子与基因间的调控关系，可以为寻找重要转录因子及重要基因提供线索。

 

microRNA启动子分析及甲基化位点分析

当microRNA研究日趋火热，越来越多的研究者开始关注microRNA本身甲基化变化。MicroRNA基因的甲基化变化也是造成microRNA表达差异的重要原因。