甲基化敏感扩增多态性，它是在扩增片段长度多态性技术的基础上建立起来的。MSAP技术相对其他测定DNA甲基化程度技术有如下优点：（1）不需知道被测DNA的序列信息，在不同生物上具有通用性，可用于DNA序列背景知识未知的生物。（2）操作相对简便，在AFLP技术体系的基础上不需要太大改进，即可操作。（3）可在全基因组范围检测CCGG位点的胞嘧啶甲基化变化。MSAP技术的局限性在于不能完成非CCGG位点的胞嘧啶甲基化。
MSAP的选择扩增产物目前主要通过两种方法进行分离检测，传统的聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）的方法和自动化程度较高的毛细管凝胶电泳（FISH）进行检测。
       PAGE方法主要是优点是引物可以是普通引物，价格相对较低，适用于少量样本或者大量样本的引物筛选比较合适，另外还可以对差异条带进行克隆测序，获得差异条带的序列信息。
毛细管电泳检测方法的优点是自动化，可以对大量样本进行实验，速度快，后期的条带读取可以依靠软件，降低了人为读取的标准不一。
1）MSAP实验路线
前期确认阶段：试验样本类型，数量，引物，签订试验合作合同；
试验阶段：DNA提取，酶切，预扩增，选择性扩增，电泳检测；若需要克隆，进行目的条带的回收并测序（周期视工作量而定）；
数据分析：和客户详细沟通，确认分析方案：读取01矩阵；
2）目前已经进行的样本类型：树木，草，花卉，昆虫，鱼类，虾类等
3）客户须知：
本公司需要签订技术服务合作合同；
本公司再试验结束后，如没要求，试验样本将统一销毁；
本公司不接受具有致病性和潜在危险的原始样本，此类样本请您提供样本DNA。