DNase I footprinting assay（DNase I足迹分析实验）又称足印法（footprinting）是一种用来测定DNA-蛋白质专一性结合的方法。用于检测与特定蛋白质结合 的DNA序列的部位,可展示蛋白质因子同特定DNA片段之间的结合区域。其原理为：DNA和蛋白质结合以后便不会被DNAase分解，在测序时便出现空白区(即蛋白质结合区)，从而了解与蛋白质结合部位的核苷酸对数目。在用酶移出与蛋白质结合的DNA后，又可测出被结合处DNA的序列。
      目前，凝胶阻滞实验（EMSA）和DNase I足迹分析实验是重要的一套体外研究工具：凝胶阻滞实验可以确定转录因子是否与DNA直接结合，而DNase I足迹分析实验则可以精确鉴定其结合的DNA序列，从而帮助我们研究基因转录调控的机制。经典的DNase I足迹分析实验需要使用同位素进行标记，并在反应完成后通过跑原始的DNA测序胶来检测；该方法不仅危险，而且费时、对操作者的技术要求高、成功率低。针对这种情况，我公司目前推出利用“荧光标记”结合ABI测序仪的方法来进行DNase I足迹分析实验。
       一、“荧光标记”的优势：

        1.相对于“同位素标记”，“荧光标记”更安全、无污染； 
        2.“荧光标记”，实验的速度快、重复性好、灵敏度高。
        荧光标记法，由于可以进行DNA的精确定量，并可以在常规的实验台上面操作；同位素标记法只能通过放射性强度来估测，且操作时需要特别的保护装置，操作不便。因此，荧光标记法的可重复性要远远好于同位素操作。