细菌人工染色体（Bacterial Artificial Chromosome，BAC）文库的构建是进行基因组研究的一项重要基础性工作，特别是对大基因组及超大基因组生物来说更是如此，在物理作图、基因图位克隆、基因结构和调控等研究中发挥了重要作用。BAC末端测序技术通过测定插入片段两端的序列，能够迅速而精确地进行序列拼装，并确定基因组序列结构的多态性，如倒置和易位等，在基因组全序列测序中有着举足轻重的作用。
BAC末端测序难点
一般来说，BAC测序比质粒或PCR产物的测序要困难得多。
主要难点体现在以下几个方面：
BAC质粒插入片段长（一般大于100 Kb），容易形成二级结构，而二级结构区域后的DNA链可能会因延伸不够充分而造成测序异常。
BAC测序需要毫克级高纯度的DNA，从而获得充足信号，以利于准确的碱基信号检出和最大读长的获得。但是BAC质粒在细菌中为单拷贝或低拷贝，DNA提取和纯化难度很大。
测序反应完成后，产物需进行纯化才能上机（ABI3730xl）检测。常规的纯化方法不能够完全去除残留的荧光染料，这会导致序列彩图中出现严重的干扰峰。
优势
DNA提取环节：利用自主研发的BAC克隆DNA提取试剂和独特的提取方法，美吉生物可以利用96孔深孔板进行BAC克隆的培养和批量化DNA提取，获得的BAC DNA的质量和纯度完全满足测序需求。
测序反应环节：对测序反应体系进行了优化，在反应体系中添加了以MgCl2为主要成分的自制缓冲液，增加了BigDye中Taq酶的活性，从而极大提高了测序的质量和成功率。
测序反应纯化环节：采用BigDye XTerminator纯化试剂盒，可稳定地去除BAC末端测序中的染料污染，从而消除了干扰峰的出现，并且能够显著增强测序数据的信号强度。