信号通路作用网络——Pathway Network

      根据KEGG数据库中的Pathway间的相互作用关系，构建差异基因参加的显著性Pathway之间的作用网络，确定显著性Pathway主要的分布（比如免疫、肿瘤等等）利用图论的方法分析确定网络中的核心Pathway群及其所属的靶基因。

文章案例
研究确定了一种新型转录因子（Activating Transcription Factor 3），发现它能防止心脏重塑发展。构建WT或ATF3KO小鼠，从中各自分离成纤维细胞，并进行转录组测序，通路富集分析发现ATF3参与调控众多通路。为进一步筛选出核心通路，研究构建通路网络图（Pathway Network）发现下游效应性通路MAPK signaling pathway。（转录组测序+数据分析由中康博提供）



参考文献：Yulin Li et al. Cardiac Fibroblast-Specific Activating Transcription Factor 3 Protects Against Heart Failure by Suppressing MAP2K3-p38 Signaling. Circulation. 2017.