Affymetrix表达谱芯片主要包括3’IVT芯片和全转录本芯片两大类，其探针设计如下：3’端表达谱芯片(3’Expression Arrays)：主要针对基因3’末端上游约600bp的序列设计约11组PM-MM探针，这些探针检测到的信号值与靶标序列的表达水平存在线性关系。这类芯片包括人U133 plus2.0；小鼠430 2.0；大鼠230 2.0等多个物种的经典产品。

全转录组分析芯片：采用随机引物法扩增靶标序列，因此其探针设计区域无需局限于3’末端，对于原核生物针对开放读码框来设计探针，对于真核生物针对基因的外显子设计探针，因此可以用于全转录本表达谱和可变剪接的分析。

这类芯片包括Exon芯片和Gene芯片,目前已经推出了人、小鼠、大鼠Gene 2.0 ST（ST是”Sense Target”的缩写，表示检测正义链核酸）芯片。
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