MiniSeq更适合于实验室平台，小通量的测序应用，不适合大规模样本，大数据量的测序应用，对于癌症芯片测序和小的RNA测序更为适合。从测序时间来说，相较于MiSeq，Miseq v3试剂测2x75 bp所需时间为21h，MiniSeq时间为13h, 虽表面看上有缩短，但实际Miseq采用的是四通道扫描，而MiniSeq采用的为双通道扫描，时间上并非有提升。测序长度上来说，MiniSeq最长可测2x150bp, 数据量最高为7.5Gb； Miseq可测2x300bp, 数据量达到15Gb. 总体来讲，MiniSeq为缩小版的MiSeq，相较技术上并未有大的提升。对于通量小的单位，不需要凑大量的样本来开机

小型基因组测序可实现对微生物或病毒基因组的全面分析，适用于公共卫生、流行病学和疾病研究。不需要培养细菌，研究人员就能对数千个小型生物进行平行测序。

与传统的方法不同，利用NGS开展的小型基因组测序研究不依赖费力的克隆步骤。小型基因组的DNA文库最快可在两天内完成制备、测序并分析。每次MiniSeq运行最多可对50个小型基因组进行测序。

制备

1.5小时

测序

~24小时

分析

2–3小时