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     此测序仪适合靶向和小型基因组测序，以其在单次运行测序读长高达2x300bp为特色，实现了小型基因组的组装或目标变异的准确检测，Miseq在微生物多样性分析、宏基因组测序、转录组de novo测序。可有效地跨越复杂基因组的高度重复区域，从而提高拼装的效果，更有利于进行基因注释和基因功能的深入挖掘。

      1、扩增子（PCR）测序、克隆检查等 可应用illumina的扩增子检测试剂盒，可同时完成样本384个扩增子，共36,864个扩增子的检测。 

      2、特定区域检测、外显子组测序等 搭配illumina特定区域捕获试剂盒，对基因组上的任意区域进行捕获和测序；还有特制的外显子捕获试剂盒。

     3、微生物测序 可应用illumina的16S rRNA微生物测序试剂盒，并可通过MiSeq内置软件，直接获得分类结果。还可应用MiSeq进行微生物基因组的从头测序。 

      4、小基因组测序、转录组测序  包括de novo测序，价格便宜，便于实现De novo组装，更全面的基因注释。