羟甲基化DNA免疫共沉淀-芯片技术服务

DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰，在细胞分化，发育及疾病发生等生命活动过程中起到关键的作用。除5甲基胞嘧啶修饰外，zei近的研究还发现了一种新的DNA甲基化修饰形式—5羟甲基胞嘧啶修饰在哺乳动物细胞组织广泛存在。这种羟甲基化修饰被认为是双加氧酶家族TET通过氧化5甲基化胞嘧啶形成的。

康成生物为您提供羟甲基化芯片技术服务，您只需要提供保存完好的组织或细胞标本，康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作，包括酶消化基因组DNA、5’羟甲基化DNA免疫共沉淀、hMeDIP与 Input DNA片段线性扩增、荧光标记、芯片杂交、图像采集和数据分析、并提供完整的实验报告。

Arraystar DNA 甲基化芯片
LncRNA Promoter Microarrays   针对LncRNA启动子区域的表观修饰位点和转录因子结合位点设计特异探针，同时也能检测一些重要的基因组位置比如mRNA启动子区域，miRNA启动子区域，H3K4-K27 二价区域，CpG岛，CpG岛海滩（CpG island shore）等等。

microRNA 基因组DNA甲基化芯片 解码miRNA基因的甲基化谱

Roche-Nimblegen DNA 甲基化芯片
CpG岛和启动子芯片  针对基因组特定的调控元件设计探针，可以检测基因的启动子区，microRNA启动子，CpG岛等各种调控区域的甲基化状况，超高密度2.1M芯片甚至可以检测距离启动子区或CpG岛较远的基因组调控元件的甲基化状态。

康成生物DNA羟甲基化芯片技术服务实验流程
1. 酶消化基因组DNA
用Mse I将基因组DNA消化成200-1000bp的DNA片段；加入76mer完全羟甲基化的寡核苷酸链用作阳性对照
2. 5’羟甲基化DNA免疫共沉淀
a)  加热变性并将变性后的单链DNA样品分成两份
b)  其中一份单链DNA样品加入抗5’-羟甲基化胞嘧啶核苷抗体
c)  用免疫磁珠法分离b步样品中5’羟甲基化DNA片段的抗体复合物，样品中其余的非甲基化DNA片段被清洗掉
d)  纯化免疫共沉淀的DNA片段（hMeDIP）
e）评估免疫共沉淀的富集效率
3. hMeDIP与 Input DNA片段线性扩增
使用Sigma WGA Kit对上述两份DNA片段（hMeDIP 与 Input）进行扩增。该步骤使检测的灵敏度得到大幅度提升，用微量的检测样品就能得到精确的检测结果
4. 荧光标记
对hMeDIP(Cy5)与Input(Cy3)样品分别进行标记
5. 芯片杂交
标记后的hMeDIP与Input样品混合、变性，与甲基化微阵列检测芯片杂交
6. 图像采集和数据分析
用高解析度芯片扫描仪检测杂交信号；用专业商用分析软件对杂交结果进行数据提取、标准化、峰值分析、报告
7. 提供实验报告 包括详细的实验方法和芯片实验数据和图表
Scanning Image：Cy3、Cy5荧光扫描图像
Raw Data：包括每个探针的荧光信号强度原始数据
Probe Report：经过校正得到每个探针的log2(hMeDIP/input)值以及p-value值，log2(hMeDIP/input)值代表每个探针在hMeDIP DNA和input DNA中的相对富集强度, P-Value表示探针红绿信号差异是由非生物因素造成的概率；P-Value越低，表示该探针越有可能代表一个甲基化事件，P-Value由修正的KS检验算法计算
Peaks Report：Peaks代表可能的DNA羟甲基化区域，由专业商用软件计算，报告包括可能的Peaks的染色体定位信息以及Peaks周围的基因和CpG岛的相关信息
Summary Report: 提供多样本之间Peaks区域的比较以及汇总以提供参考
8. Differential Enrichment Peaks（Advanced Analysis）
Differential Enrichment Peaks（DEP）利用重复组中多样本log2ratio的平均值分析组间差异甲基化区域，从而使得用重复样本实验数据进行甲基化结果的比较及差异甲基化区域的鉴定成为可能，这对于后续实验及分析是非常重要的

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