MHC(主要组织相容性复合体Major Histocompatibility Complex)是一段密度为4Mb的人类基因组序列，位于Chr 6p21上，包含了160个基因。这些基因中有40%是与免疫蛋白编码有关的序列，其中也包括了白细胞抗原基因。可以对这些免疫蛋白编码基因进行连锁不平衡分析。MHC Panel针对这一区域挑选了2,360个平均间隔2kb的SNP标记，并合成相应的探针。MHC芯片可以对低密度区域的SNP进行检测。使用MHC Panel Set对94个亚裔样本进行分型，重复性达到了99.99%。

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