序列捕获测序是指通过一系列寡核苷酸探针与全基因组DNA杂交，从而将基因组上的特定区段富集下来，并通过第二代测序技术进行测序的研究策略。序列捕获测序技术能应用于外显子区域以及候选基因组区域等的重测序上，针对性强，覆盖度更深，数据准确性更高，更加简便、经济、高效。可用于寻找复杂疾病（如：癌症、糖尿病、肥胖症等）的致病基因和易感基因等的研究。

目前，SBC能为您提供的序列捕获结合第二代测序服务项目有：

Agilent SureSelect系列 + Illumina GAIIx / ABI SOLiD4

NimbleGen Sequence Capture Array和SeqCap EZ Exome系列 + Illumina GAIIx

服务内容

服务推荐

全外显子组捕获结合新一代测序服务

技术策略：Agilent SurSelect Human All Exon 38Mb/50Mb 捕获+ ABI SOLiD4测序

技术优势：

Agilent SurSelect Human All Exon 38Mb/50Mb序列捕获是目前覆盖zei全的外显子捕获技术，作为癌症研究的一项热点技术，有助于发现与癌症等复杂疾病有关的遗传变异，并已被国际癌症协会（ICGC）广泛采用并获得了鉴定认可。

精确：Agilent SurSelect系统可检测常见变异和<5%罕见变异；而ABI SOLiD4系统双碱基编码固有的错误核对性质（每个碱基检测2次）以及原始错误率的下降，使得该系统能够提供高度准确的数据（系统准确性高于99.94%），其中80%以上的碱基有着>30的质量值。两相叠加使得数据更为准确。

高效：外显子区域覆盖全，捕获特异性高；ABI SOLiD4测序时采用连接反应，每次运行zei多能得到100GB可比对上的数据或者14亿条Reads。

经济：性价比好，与全基因组重测序相比，可用相同的经费获取更多个体的基因组信息，且覆盖度更深。

服务相关

样品要求

样品纯度：OD 260/280值应在1.8～2.0 之间；RNA 应该去除干净。

样品浓度：zei低浓度不低于50ng/&micro;l。

样品总量：每个样品总量不少于15&micro;g。

样品溶剂：要溶解在H20或TE （pH 8.0）中。

样品运输： DNA低温运输（-20℃）；且在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染。

生物信息分析内容

目标序列捕获与测序

将基因组DNA随机打断成片段，通过与序列捕获芯片上特异性探针杂交，以富集目标基因组区域，然后通过第二代测序技术对捕获的序列进行测序。

基本数据分析

数据产出统计：对测序结果进行图像识别（Base calling），去除污染及接头序列；统计结果包括：测定的序列（Reads）长度、Reads数量、数据产量。

高级数据分析

Clean reads序列与参考基因组序列比对；

目标区域测序深度分析；

目标区域一致序列组装；

目标区域SNP检测及在CCDS数据库中的注释。

可变剪切、基因融合、外显子融合分析。

关于序列捕获实验的特殊说明

序列捕获实验都需要在杂交时对基因组中的重复序列进行封闭。虽然这些基因组杂交探针都经过严格的设计zei大限度的避免发生非特异性杂交，但是杂交的效率受到杂交体系中两个重要因素的影响，序列与探针的匹配程度和序列在杂交体系中的浓度。由于真核生物基因组中存在大量的重复序列，这些高拷贝的序列在杂交体系中具有很高的浓度，因此尽管探针经过优化设计，依旧无法避免来自基因组重复序列的非特异性杂交。

目前为数不多的物种有商品化的Cot-1 DNA，可以在杂交时加入，很好的封闭来自基因组重复序列的非特异性杂交，zei大程度的提高杂交的效率。对于没有商品化Cot-1 DNA的物种这类非特异杂交不可避免。

对于目前的序列捕获实验，Cot-1 DNA尤为重要，序列捕获通过基因组杂交选择性的富集研究者感兴趣的DNA片段。当没有相应物种的Cot-1 DNA进行封闭，杂交体系中会存在较高比例的非特异性杂交，捕获产物中将相应的出现大量的DNA重复片段，严重影响序列捕获的效果。

目前，上海伯豪生物技术有限公司为您提供人、大鼠、小鼠的Cot-1 DNA，用以在基因组杂交中封闭重复序列，降低非特异性杂交。