利用抗原抗体反应，验证两种蛋白在细胞内是否结合，通常同于直接互作机制的研究。

技术原理

以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的、用于研究蛋白相互作用的经典方法。是确定两种蛋白在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质－蛋白质间的相互作用被保留了下来。当用预先固化在argarose beads上的蛋白质A的抗体免疫沉淀A蛋白，那么与A蛋白在体内结合的蛋白质B也能一起沉淀下来。再通过蛋白变性分离，对B蛋白进行检测，进而证明两者间的相互作用。

结果展示

利用包含FLAG-GeneB的质粒进行293T细胞株转染后，3天后裂解细胞抽提蛋白，用anti-FLAG的抗体进行免疫沉淀后，WB检测到免疫沉淀的蛋白中含有Gene A表达的蛋白。

参考文献

Rosenberg, Ian (2005). Protein analysis and purification: benchtop techniques. Springer. p. 520.