产品介绍

基于新一代高通量测序技术，对小基因组（包括线粒体、叶绿体、病毒、质粒等）进行全基因组测序，可以得到其全基因组序列，并预测重要的基因和蛋白，进而研究物种分类、进化分析、致病性以及与宿主的相互作用，开发疫苗，研制新型抗生素等。由于这些物种的编码特征、基因组结构和蓝细菌等原核生物更加类似，分析方法也有所类同，因此一并归入微生物基因组领域。

美吉优势

拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台，实验周期短，保证高质量的数据；

拥有多种测序平台和强大的计算机资源，提供zei佳的测序解决方案和快速的分析平台；

拥有专业的分析团队，全面的分析内容，提供全面和高质量的基因组解析结果；

产品类型

小基因组框架图：构建Illumina PE（~400bp）文库，通过Illumina（Miseq/Hiseq）平台测序并进行de novo基因组组装，初步获得基因组序列和功能注释信息

小基因组完成图：构建PacBio RS II（~10K）文库，基于多种测序平台（ABI3730xl，Illumina Miseq/Hiseq，Pacbio RS II）获得基因组完成图并进行深度生物信息挖掘。

实验流程

    框架图分析流程：                        完成图实验流程：

生信分析

生信分析内容：

技术参数

框架图承诺指标：

基因组覆盖度大于95%，基因区覆盖度98%以上，单碱基错误率低于十万分之一

完成图承诺指标：

0 GAP，1 contig。

送样要求：

1)样品类型： DNA

2)样品需求量（单次）：基因组DNA：≥2μg（框架图），基因组DNA：≥10μg（完成图）

3)样品浓度：≥20ng/µL

4)样品纯度：OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解，无污染。

5)样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输。

案例解析

案例一：褐藻Saccharina japonica叶绿体全基因组结构特征及其比较基因组分析

本文对褐藻Saccharina japonica的叶绿体进行全基因组测序，研究了其结构特征；同时构建了含有40种叶绿体蛋白的数据集和26种叶绿体蛋白的数据集，基于两种数据集与Fucus vesiculosus和Ectocarpus siliculosus的叶绿体基因组进行了比较基因组分析。

图1 S. Japonica的叶绿体基因组圈图

案例二：大豆的线粒体基因组测序研究

大豆线粒体基因组根据酶切多态性可以分为四类，且有4.8kb的大片段重复，基因组大小约392kb。目前，豆科植物中，绿豆（Vigna radiata）、百脉根（Lotus japonicus）和水黄皮（Millettia pinnata）线粒体基因组已被测序，这些基因组都比大豆简单。本文对大豆线粒体基因组进行测序，结果显示大豆线粒体基因组结构是目前种子类植物中zei复杂的，而且大豆核基因组、线粒体、叶绿体基因组之间存在DNA的水平转移。

图1 大豆线粒体基因组圈图

参考文献

[1] Wang XL, Shao ZR, Fu WD, Yao JT, Hu QP and Duan DL. Chloroplast genome of one brown seaweed, Saccharina japonica (Laminariales, Phaeophyta): Its structural features and phylogenetic analyses with other photosynthetic plastids. Marine Genomics,2013,10(2):1-9.

[2] Chang S, Wang Y, Lu J, et al. Correction: The Mitochondrial Genome of Soybean Reveals Complex Genome Structures and Gene Evolution at Intercellular and Phylogenetic Levels.Plos One, 2013, 8(2):e56502.

常见问题

小基因组de novo测序样品DNA要求？

小基因组样品制备过程容易受到核基因组、宿主基因组等污染，污染严重会对后续基因组拼接带来一定程度的影响。

①对于线粒体、叶绿体DNAzei好能提供纯化后的叶绿体、线粒体DNA样品或者PCR产物；

②病毒基因组zei好能先纯化病毒后再提取基因组，减少宿主污染；

③质粒DNA样品，需要提供质粒的宿主菌基因组序列信息，后续通过比对去除宿主菌污染再进行拼接；