RSAM-21 外显子剪切增强子（ESEs）预测

外显子剪切抑制子是一类抑制邻接剪切位点事件的顺式调控序列，作用于可变剪切事件。我们将141ESS序列特征（其中133是唯一性特征）预测转录组中的抑制子结合位点和可变剪切事件。 采用统计计算方法预测ESE活性对应的核酸序列特征，并从转录组组数据预测ESE。 

 

预测步骤主要包括：

（1）识别激活或抑制剪切的生物化学活性对应的序列，并构建文件的分类模型；
（2）使用统计模型对序列特征分割核酸k-mer 短序列并识别出显著的激活剪切子的序列信号。
（3）定义可以区分激活剪切区的序列特征；
（4）计算5’与3’ESEs得分，包括△EI数值（衡量标准化的外显子与内含子序列特征频率差异）以及△5WS和△3WS数值（分别衡量标准化的弱结合5端/3端与强结合5端/3端强度的差异）。
 

图例 分析原理

更多详情：http://www.biogenius.cn/htm/products/transcriptome/rnaseq/analysis/322.html
 

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