细菌denovo测序

细菌基因组测序主要针对无参考序列的物种进行测序，样品基因组测序后从头开始组装。根据物种本身的特点和测序深度的不同，最终的组装结果会存在一定的差异。对于细菌样品，最高可组装成一条完整的序列。根据组装结果，可预测细菌基因组中包含的基因，通过功能数据库比对可得到基因的功能注释信息。在病原菌的致病性、疾病的预防和治疗等方面有广泛的应用。

根据不同的研究目的与需求，以及不同的组装程度需求，细菌基因组测序提供以下两种产品类型：细菌框架图、细菌完成图。

技术路线：

技术参数：

生物信息分析内容

1.数据质控

2.Denovo组装

3.基因组组分分析（基因岛、重复序列、非编码RNA、基因预测、CRISPR、前噬菌体）

4.基因功能注释（COG、KEGG、NR、GO、Swiss-prot）

5.致病性分析（分泌蛋白预测、PHI、VFDB、ARDB、CAZy）

6.比较基因组分析（共线性分析、Core-pan分析、进化分析）

真菌denovo测序

真菌基因组测序主要针对无参考序列的物种进行测序，样品基因组测序后从头开始组装。对于真菌样品，由于基因组较大且比较复杂，推荐先对真菌样品进行初级组装，再根据初级组装的结果进行高级组装，以提高组装质量。根据组装结果，可预测真菌基因组中包含的基因，通过功能数据库比对可得到基因的功能注释信息。真菌基因组测序在研究植物致病性真菌、生物防治真菌等方面有重要的应用。

根据不同的研究目的与需求，以及不同的组装程度需求，真菌基因组测序提供以下两种产品类型：真菌框架图、真菌精细图。

技术路线：

技术参数：

生物信息分析内容：

1、数据质控

2、Denovo组装

3、基因组组分分析（基因预测、重复序列、非编码RNA）

4、基因功能注释（COG、KEGG、NR、GO、Swiss-prot）

5、致病性分析（分泌蛋白预测、PHI、细胞色素P450、CAZy）

6、比较基因组分析（共线性分析、Core-pan分析、进化分析）