LncRNA测序
主要研究策略:
1.编码蛋白的基因上游启动子区转录,干扰下游基因的表达;
2.抑制RNA聚合酶Ⅱ或介导染色质重构以及组蛋白修饰,影响下游基因(蓝色)的表达;
3.与编码蛋白基因的转录本形成互补双链,干扰mRNA的剪切,形成不同的剪切形式;
4.与编码蛋白基因的转录本形成互补双链,在Dicer酶的作用下产生内源性siRNA;
5.与特定蛋白质结合,lncRNA转录本可调节相应蛋白的活性;
6.作为结构组分与蛋白质形成核酸蛋白质复合体;
7.结合到特定蛋白质上,改变该蛋白质的细胞定位:
8.作为小分子RNA(如miRNA、piRNA)的前体分子。
主要分析内容:
1. 数据产出统计和质量评估;
2. 序列比对与拼接;
3. lncRNA表达丰度统计与表达水平分析;
4. 差异性lncRNA的筛选及验证;
5. 预测结合的mRNA;
6. GO富集及KEGG分析。
技术参数:
1.样本类型:组织、细胞、全血等;
2.测序策略:HiSep PE 150