主要研究策略:
1.收集对照组和实验组的样本,提取circRNA并经进行测序分析;
2.将对照组和实验组中circRNA进行对比,筛选出有差异的circRNA;
3.通过生物信息学分析差异circRNA与上游miRNA的结合位点以及miRNA下游靶基因,同时可分析circRNA在组织中的特异性以及采用GO/KEGG pathway分析circRNA与通路的相关性;
4.筛选与疾病或药物作用相关的circRNA
主要分析内容:
1. 数据产出统计和质量评估;
2. reads与参考序列对比;
3. 表达丰度统计与表达水平分析;
4. 差异性circRNA的筛选及验证;
5. 预测结合的miRNA;
6. circRNA来源基因分析以及miRNA靶基因筛选;
7. GO富集及KEGG分析。
技术参数:
1.样本类型:组织、细胞、全血等;
2.测序策略:HiSep PE 150