蛋白质组学质谱数据是蛋白质组学分析的根本，质谱图谱的质量与检索分析结果的精准密切相关，因此，对于蛋白质组学数据的质量评估尤为重要。为了保证生物信息分析的可靠性，百泰派克从以下4个方面对鉴定到的蛋白组数据进行质量评估：

1. 肽段匹配误差分布
2. 肽段数量分布
3. 肽段长度分布
4. 蛋白质分子质量分布

1. 肽段匹配误差分布分析
所有匹配到的肽段的相对分子量的真实值和理论值之间的误差分布如下图所示：

图1 肽段匹配误差分布图

2. 肽段数量分布分析
鉴定到的蛋白所含肽段数量分布情况如下图所示：

图2 肽段数量分布图

注：横坐标为肽段的数量范围，纵坐标为蛋白数量。

3. 鉴定肽段长度分布分析
鉴定到的肽段长度分布图如下：

图3 肽段长度分布图

注：横坐标为肽段的长度分布，纵坐标为肽段数量。

4. 蛋白质分子质量分布分析

图4 蛋白质分子质量分布图

注：横坐标为蛋白的分子质量范围，纵坐标为蛋白数量。