生物信息学分析技术
利用生物信息学对蛋白质组的各种数据进行处理和分析，也是蛋白质组研究的重要内容。在蛋白质组数据库中储存了有机体、组织或细胞所表达的全部蛋白质信息。近年来，随着高分辨质谱的快速发展，生物信息学在蛋白质组研究的大规模数据分析中起着越来越重要的作用。
差异蛋白的GO功能注释和分类
随着后基因组（post-genomics）时代的来临，多种生物genome的相继解码，同时大量ESTs以及gene expression profile date的积累，基因组学的研究中心开始从阐明所有遗传信息转移到整体分子水平对功能进行研究。这种转变的一个重要标志是产生了功能基因组学（functional genomics）。功能基因组学的主要任务之一是进行基因组功能注释（genome annotation），了解基因的功能，认识基因与疾病的关系，掌握基因的产物及其在生命活动中的作用等。快速有效的基因注释对进一步识别基因，研究基因的表达调控机制，研究基因在生物代谢途径中的地位，分析基因、基因产物之间的相互作用关系，预测和发现蛋白质功能，解释生命的祈愿和进化等具有重要意义。
由于GO是一种整合性的分类系统，其下的3类主ontology虽然是独立的，但是无论从GO原初的设计还是我们的使用中其实都还是存在一定的流程关系。一个基因/蛋白质或者一个ontology在注解的过程中，首先是考虑涉及在构成细胞内的组分和元件（cellular component），其次就是此组分/元件在分子水平上所行使的功能（molecular function），最后能够呈现出该分子功能所直接参与的生物过程（biological progress）。由于这是一种存在反馈机制的注释过程，并且整个系统是动态开放实时更新的，因此在某种程度上说它具有纠错的能力。