产品简介       

甲基化DNA 免疫共沉淀测序（Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing，MeDIP测序）先用5'-甲基胞嘧啶抗体富集胞嘧啶甲基化的基因组片断，然后对富集的片段进行高通量测序。该方法检测范围覆盖全基因组，所需测序数据量较少，可广泛用于大样本量的疾病研究和分子育种研究。然而，该方法不能在单碱基分辨率水平上检测DNA胞嘧啶甲基化状态。

  应用领域：

  •  样本间DNA甲基化修饰差异分析

  •  大样本量疾病研究

  技术路线：

内容分析      

   1.标准信息分析

  1）测序完成后，去污染，去接头及去除低质量数据；

  2）MeDIP-Seq序列与参考序列的比对；

  3）MeDIP-Seq数据的全基因组分布趋势：

  a）MeDIP-Seq测序reads在全基因组每条染色体上的分布；

  b）MeDIP-Seq测序reads在全基因组上的覆盖深度；

  c）MeDIP-Seq测序reads在不同CpG密度区域中的分布；

  d）MeDIP-Seq测序reads在不同基因功能元件上的分布；

  e）MeDIP-Seq测序reads在基因元件及其上下2000bp的平均覆盖深度分布趋势。

  4）统计MeDIP-Seq数据富集区域（Peak）的信息：

  a）Peak扫描；

  b）Peak长度数量及比例分布统计；

  c）单个样品Peak 的不同CpG密度分布统计；

  d）寻找Peak相关基因；

  e）统计Peak在不同基因功能元件上的分布。

  5）基于Peak的多样品间差异性分析；

  6）对两个样品间的差异基因进行GO功能富集分析及pathway功能分析。

  2.高级信息分析

  1）甲基化水平与转录水平关联分析；

  2）CpG岛在TSS附近的分布。

  样品要求：

  1.样品类型：无降解，无污染的DNA样品；

  2.样品需求量：≥5μg；

  3.样品浓度：≥50 ng/μl；

  4.样品纯度：OD260/280=1.8~2.0。

案例分析 

MeDIP和Bisulfite研究果蝇基因组的甲基化模式

  本研究通过结合MeDIP和Bisulfite处理的方法进行测序，研究果蝇胚胎的甲基化模式。发现果蝇的甲基化模式是高度区域化和链特异的，基因本体的甲基化程度和较低的基因表达水平相关。

  果蝇基因组范围的甲基化分布

  参考文献：

  1. Genome methylation in D. melanogaster is found at specific short motifs and is independent of DNMT2 activity (Genome Research, 2014, IF = 14.63)