简单重复序列标记（Simple Sequence Repeat，SSR），或被称为微卫星序列标记(Microsatellite sequence，MS)，或短串联重复标记( Short Tandem Repeat，STR)，由DNA复制或修复过程中DNA滑动和错配或者有丝分裂、减数分裂期姐妹染色单体不均等交换引起。微卫星的突变率在不同物种、同一物种的不同位点或同一位点的不同等位基因间存在很大差异。尽管微卫星 DNA分布于整个基因组的不同位置，但其两端序列多是保守的单拷贝序列，根据这两端的序列设计一对特异引物，通过PCR技术将期间的核心微卫星DNA序列扩增出来，利用电泳分析技术就可以得到其长度的多态性。SSR 标记具有高度重复性、丰富的多态性、共显性、高度可靠性等优点。