Digital-16S rDNA测序/绝对定量16S
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Digital-16S rDNA测序/绝对定量16S

产品属性

  • 品牌康测科技
  • 产地武汉
  • 型号Digital-16S rDNA测序/绝对定量16S rDNA测序
  • 关注度62
  • 信息完整度
  • 价格范围
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产品描述

简介
细菌rRNA(核糖体RNA)按沉降系数可分为3种,分别为5S、16S以及23S rRNA。16S rRNA为核糖体RNA的一个亚基, 16S rDNA即编码该亚基的基因。16S rDNA 序列包含10个保守区域和9个可变区域,保守区在细菌间差异不大,高变区具有属或种的特异性。对V4可变区进行测序,可对环境(如土壤、水源、皮肤、肠道等)的微生物多样性进行分析。获得的物种分类、物种丰度、种群结构、系统进化、群落比较等信息对环境中微生物组成及进化、微生态研究有重要指导作用。 16S rDNA测序无需对微生物进行分离培养,直接提取样本DNA进行扩增和测序,能够高效、高通量,一次性获得样本中所有微生物组成信息、全面鉴定样本中的物种。
绝对定量16S rDNA测序针对解决目前16S rDNA测序丰度检测不准、不能准确还原菌群结构、只能分辨到种属等不足提供了良好的解决对策。

康测技术优势
1. UID技术的引入,有效解决PCR靶向扩增测序的偏好性,准确还原菌群结构。由于PCR扩增偏好性,容易扩增的V4区会被误认为具有较高的丰度,导致16S测序的结果与实际的菌群结构存在较大差异。而通过UID标签对PCR扩增重复进行识别和过滤,可有效排除PCR扩增偏好性影响,准确还原原始的菌群结构。

2. UID技术的纠错功能,大大提高种属分辨率。常规测序存在错误,因无法将这些错误与不同菌种(菌株)个别碱基的差异区分,在分析时一般将97% 的序列一致性作为OTU分类的阈值,因此只能达到种属水平的分辨率。UID技术的纠错功能排除了PCR和测序错误的影响,将OTU分类阈值提高到99%,可对细菌的株系进行鉴定。

3. 高准确性、高分辨率的测序结果帮助深入研究细菌突变频率、菌群组成变化等机制。一般的研究通常仅限于观察到菌群结构和菌种丰度的变化,但无法确定是其内部某些菌株优势扩增或是受到外源菌株的影响,无法阐述其变化的机制。绝对定量16S rRNA测序由于能够准确检测细菌的丰度和细菌的株系,使得细菌群落变化的机制研究成为可能。

4. 提供从样本处理、16S扩增、建库测序到数据分析的一站式完善服务,根据用户的具体需求,提供个性化的数据分析内容。

                     建库方法                                              技术流程

   

                  UID去重原理                                                    UID纠错原理
  

分析结果展示


 

武汉康测科技有限公司是由加州大学圣地亚哥分校(UCSD)、武汉大学、华中农业大学博士团队创建的高新技术企业。截至2017年底,团队核心成员已在Nature、Cell、Molecular Cell、Nat. Struct. Mol. Biol.、Proc Natl Acad Sci USA、Cell Reports等国际顶级期刊发表文章十余篇。公司秉承技术创新、服务至上的核心理念,与多所985/211院校、中国科学院的实验室建立了长期合作关系。

公司研发团队于2017年成功开发出绝对定量转录组(KC-DigitalRNA)、免疫组库(KC-IRQuant)、16S rDNA绝对定量、ctDNA检测(KC-SMP)等4项建库技术,并成功申请发明专利和配套数据分析系统的软件著作权。成为中国首家UID(UMI)绝对定量高通量测序服务平台,为广大科研工作者提供转录组(mRNA、lncRNA)/TCR/BCR/ctDNA/肠道微生物多样性等多种绝对定量测序服务。

作为国内核酸-蛋白互作研究服务的领跑者,公司已完成1000多项ChIP-seq、RIP-seq、CLIP-seq实验及测序分析服务,包括动物(人、小鼠、大鼠、羊、鸡、斑马鱼等)、植物(水稻、拟南芥、小麦、二穗短柄草、马铃薯、番茄、苹果等)、微生物(大肠杆菌、禾谷镰刀菌等)近50余种物种的CHIP-seq和RIP-seq,其中组蛋白ChIP-seq成功率接近100%,转录因子ChIP-seq成功率超过95%,RIP-seq、CLIP-seq成功率接近95%。



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